1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
GATCTGGACTATCAAGCTCTGCGGCATTTGTTTGCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAGgtgttttacgcatttttctgatctgcaaagaagtactttattttgttgcatacttgtcttaatgagatgccattgccctgtgctgatcctgtgtacacag...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0077g00690.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAG AAAGACGTTGCCCAACTAACATGTGAATGTGAGCGACACATTGGAACACAAEST: gi|110723631|gb|EE101165.1|EE101165
genomic: GCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAGgtgttttacg ... tgtttttcagAAAGACGTTGCCCAACTAACATGTGAATGTGAGCGACACATTGGAACACAA
EST: GCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAG AAAGACGTTGCCCAACTAACATGTGAATGTGAGCGACACATTGGAACACAAEST: gi|33405936|gb|CF211563.1|CF211563
genomic: GCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAGgtgttttacg ... tgtttttcagAAAGACGTTGCCCAACTAACATGTGAATGTGAGCGACACATTGGAACACAA
EST: GCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAG AAAGACGTTGCCCAACTAACATGTGAATGTGAGCGACACATTGGAACACAAEST: gi|110719299|gb|EE097116.1|EE097116
genomic: GCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAGgtgttttacg ... tgtttttcagAAAGACGTTGCCCAACTAACATGTGAATGTGAGCGACACATTGGAACACAA
EST: GCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAG AAAGACGTTGCCCAACTAACATGTGAATGTGAGCGACACATTGGAACACAAEST: gi|77581517|gb|DV219710.1|DV219710
genomic: GCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAGgtgttttacg ... tgtttttcagAAAGACGTTGCCCAACTAACATGTGAATGTGAGCGACACATTGGAACACAA
EST: GCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAG AAAGACGTTGCCCAACTAACATGTGAATGTGAGCGACACATTGGAACACAAEST: gi|30299334|gb|CB976128.1|CB976128
genomic: GCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAGgtgttttacg ... tgtttttcagAAAGACGTTGCCCAACTAACATGTGAATGTGAGCGACACATTGGAACACAA
EST: GCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAG AAAGACGTTGCCCAACTAACATGTGAATGTGAGCGACACATTGGAACACAA
genomic: GCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAGgtgttttacg ... tgtttttcagAAAGACGTTGCCCAACTAACATGTGAATGTGAGCGACACATTGGAACACAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GATCTGGACTATCAAGCTCTGCGGCATTTGTTTGCTCATCTATGATTGCTATAATGGCTGCTTATGATGTCAGCTTCCCAAAGgtgttttacgcatttttctgatctgcaaagaagtactttattttgttgcatacttgtcttaatgagatgccattgccctgtgctgatcctgtgtacacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagaag