Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACGGATAGGGCTGCAATGCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTAAGGCTCCAAGTCAAGgtaaatagtctcctttcagtgttcttgagcaggatctgttctgtctccagcttgcatatttgtttgtatattttcacatagatcatgtgattgtggatgc...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g04620.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349808681|gb|FQ405825.1|FQ405825
EST:     TGCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTAAGGCTCCAAGTCAAG                         GTTTTGAGCATGA
genomic: TGCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTAAGGCTCCAAGTCAAGgtaaatagtc ... actttttcagGTTTTGAGCATGA
EST: gi|110390144|gb|EC955038.1|EC955038
EST:     TGCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTAAGGCTCCAAGTCAAG                         GTTTTGAGCATGAGTAGGCTGGGAGGTGCTGGTGCAGTGGCACAACTCGTG
genomic: TGCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTAAGGCTCCAAGTCAAGgtaaatagtc ... actttttcagGTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGAGGTGCTGGTGCAGTGGCACAACTCGTG
EST: gi|110701293|gb|EE078706.1|EE078706
EST:     TGCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTAAGGCTCCAAGTCAAG                         GTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGAGGTGCTGGTGCAGTGGCACAACTCGTG
genomic: TGCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTAAGGCTCCAAGTCAAGgtaaatagtc ... actttttcagGTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGAGGTGCTGGTGCAGTGGCACAACTCGTG
EST: gi|110387925|gb|EC952633.1|EC952633
EST:     TGCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTAAGGCTCCAAGTCAAG                         GTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGAGGTGCTGGTGCAGTGGCACAACTCGTG
genomic: TGCTTGATGAAATTGTGGACTATGTGAAGTTCCTAAGGCTCCAAGTCAAGgtaaatagtc ... actttttcagGTTTTGAGCATGAGTAGACTGGGAGGTGCTGGTGCAGTGGCACAACTCGTG