Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGCTCAAGTTTGTACAAATTGTGGCGTCAATATGGGGGAATATTTCTGTGAAGTGTGCAAATTCTATGATGATGATgtaatgcaacatgatcatattgagccatcaaaatattgacaaaagcaaaataattattgttatcttgcctctttagagttcttgattacttcaccttttagcttcatatgtagtcagatgatggtttgaaatttggatatgatctttggtagtcctattatgttttcttctgtgctaagcactattgcactcattgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g01800.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110360502|gb|EC923659.1|EC923659
EST:     GAAGTGTGCAAATTCTATGATGATTGAT                         ACTACGAAAGGGCAGTTTCACTGTGATGACTGTGGGATCTGTAG
genomic: GAAGTGTGCAAATTCTATGATGA-TGATgtaatgcaac ... ctcattgcagACTACGAAAGGGCAGTTTCACTGTGATGACTGTGGGATCTGTAG
EST: gi|161721536|gb|FC069746.1|FC069746
EST:     TCAATATGGGGGAATATTTCTGTGAAGTGTGCAAATTCTATGATGATGAT                         ACTACGAAAGGGCAGTTTCACTGTGATGACTGTGGGATCTGTAG
genomic: TCAATATGGGGGAATATTTCTGTGAAGTGTGCAAATTCTATGATGATGATgtaatgcaac ... ctcattgcagACTACGAAAGGGCAGTTTCACTGTGATGACTGTGGGATCTGTAG
EST: gi|161716059|gb|FC067162.1|FC067162
EST:     TCAATATGGGGGAATATTTCTGTGAAGTGTGCAAATTCTATGATGATGAT                         ACTACGAAAGGGCAGTTTCACTGTGATGACTGTGGGATCTGTAT
genomic: TCAATATGGGGGAATATTTCTGTGAAGTGTGCAAATTCTATGATGATGATgtaatgcaac ... ctcattgcagACTACGAAAGGGCAGTTTCACTGTGATGACTGTGGGATCTGTAG