1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
AAATTTATAATAACTCTGAACTTCAGCTTCTTACACAAAAGAAATACATGCAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAGgtgaggttgtgattcagtttgttaattatattttttgtatcattgctttcttctactattgatgcttcttttctatttccttgcatctttaaaaacattt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv03s0091g00080.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAG GAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGCEST: gi|22013719|gb|BQ798753.1|BQ798753
genomic: AAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAGgtgaggttgt ... tgattcacagGAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGC
EST: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAG GAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGCEST: gi|34362855|gb|CF404440.1|CF404440
genomic: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAGgtgaggttgt ... tgattcacagGAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGC
EST: CAAGATTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAG GAGAATTGTTGGTGTAGCGCATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGCEST: gi|110730044|gb|EE106672.1|EE106672
genomic: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAGgtgaggttgt ... tgattcacagGAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGC
EST: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAG GAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGCEST: gi|83276231|gb|DV940239.1|DV940239
genomic: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAGgtgaggttgt ... tgattcacagGAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGC
EST: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAG GAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGCEST: gi|33403054|gb|CF208681.1|CF208681
genomic: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAGgtgaggttgt ... tgattcacagGAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGC
EST: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAG GAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGCEST: gi|22013296|gb|BQ798330.1|BQ798330
genomic: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAGgtgaggttgt ... tgattcacagGAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGC
EST: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAG GAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGCEST: gi|33402966|gb|CF208593.1|CF208593
genomic: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAGgtgaggttgt ... tgattcacagGAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGC
EST: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAG GAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGCEST: gi|22013448|gb|BQ798482.1|BQ798482
genomic: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAGgtgaggttgt ... tgattcacagGAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGC
EST: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAG GAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGCEST: gi|110693592|gb|EE069956.1|EE069956
genomic: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAGgtgaggttgt ... tgattcacagGAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGC
EST: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAG GAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGC
genomic: CAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAGgtgaggttgt ... tgattcacagGAGAATTGTTGGTGTAGCACATGTTGAGGATTTTGAATCAATTGTTGATGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAATTTATAATAACTCTGAACTTCAGCTTCTTACACAAAAGAAATACATGCAAGGTTTGTTGCATGACACCCTCGGATTTGGTGCTGCCAAAATGATAAGgtgaggttgtgattcagtttgttaattatattttttgtatcattgctttcttctactattgatgcttcttttctatttccttgcatctttaaaaacattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaca