Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAACATAACATCACTTGCAATCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataataagttgtggatatttttcctcgtttctcttttgcttggggaaagtgtagtgaaggggcacccctgttacaggttgtcagttattaaaaat...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0026g01700.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0026g01700.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os05g08980.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GCAACATAACATCACTTGCAATCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataataagttgtggatatttttcctcgtttctcttttgcttg-----gggaaagtgt---agtgaaggggcacccctgttacaggttgtcagttattaaaaat
      |  ||    |   | | || || || ||  | || ||| | || |||||||||||||||||||||||||| |  ||  |     |||   ||  | |||| | || || |||     | | || ||    | || | |  || |  |  |   || ||  | || ||      
---GGGTGTCAGGTTTGATAGTACCTGCAGCAACTGTTGGAGCACTCGGTTATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgctg-tacttctatcatagcctttat-gtttgtgttgtgattgtaatagagtaactgccaaattgtaagatcagctttaattttggctgctatttttt------

upper sequence: Vv01s0026g01700.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA01G04980.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
GCAACATAACATCACTTGCAATCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataataagttgtggatatttttcctcgtttctcttttgcttggggaaagtgtagtgaaggggcacccctgttacaggttgtcagttattaaaaat-
| ||  || |||| ||||   | ||||||||  ||||||| ||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||    |||   |  |   | || ||   |  |||   | |    | ||   |   |  | |    | ||  |  ||     ||    |  || 
GTAATTTATCATCCCTTGTCGTTCCAGCTGCTGCCTTGGGCGCTCTGGGTTATGGCTACATGTGGTGGAAGgtatgg-aactgcttgcctacttggattcttgtgcattctttcaatagtttcattggtttatggttgaaattgtattgtatttttcttttttaccagtatg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30125948|gb|CB911287.1|CB911287
EST:     TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|110693432|gb|EE069656.1|EE069656
EST:     TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|161717886|gb|FC065984.1|FC065984
EST:     TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|30137104|gb|CB922442.1|CB922442
EST:     TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|71884005|gb|DT033060.1|DT033060
EST:     CCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: CCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|71884658|gb|DT033713.1|DT033713
EST:     CCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: CCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|161718575|gb|FC069322.1|FC069322
EST:     TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGG-TATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|161719703|gb|FC069425.1|FC069425
EST:     TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|71857008|gb|DT006063.1|DT006063
EST:     TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|110722964|gb|EE099738.1|EE099738
EST:     TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|110361687|gb|EC925180.1|EC925180
EST:     TCCCAGCTGCCACTTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|22011799|gb|BQ796833.1|BQ796833
EST:     TATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: TATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|110713393|gb|EE089276.1|EE089276
EST:     TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
EST: gi|161720924|gb|FC070664.1|FC070664
EST:     TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAG                         GGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT
genomic: TCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataat ... aaatgtatagGGTCTTTCAATATCAGATCTTATGTATGTAACGAAGAAGAATATGGAAACT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAACATAACATCACTTGCAATCCCAGCTGCCACCTTGGGGGCATTGGGATATGGTTACATGTGGTGGAAGgtatgataataagttgtggatatttttcctcgtttctcttttgcttggggaaagtgtagtgaaggggcacccctgttacaggttgtcagttattaaaaat

- - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggaaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attaaaa