1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CATGATGGGGGATGGATTGCTCGAATTGCTGCACTACTTGTGGGGGAGGATCCAACAGAGTCTTATGCACTTATATGTGGAAACTGTCATATGCATAATGgtaagtggagtgaggacctcatccttacaaaatgtatttctgcttcaggattacttttgttcatcattacttttttcctccatgtcccctactgttaatt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv00s0215g00090.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCCAACAGAGTCTTATGCACTTATATGTGGAAACTGTCATATGCATAATG GACTTGCCCGGAAGGAGGATTTCCCATATGTAACTTATTACTGCCCACACTEST: gi|71870902|gb|DT019957.1|DT019957
genomic: TCCAACAGAGTCTTATGCACTTATATGTGGAAACTGTCATATGCATAATGgtaagtggag ... ttttgtgcagGACTTGCCCGGAAGGAGGATTTCCCATATGTAACTTATTACTGCCCACACT
EST: TCCAACAGAGTCTTATGCACTTATATGTGGAAACTGTCATATGCATAATG GACTTGCCCGGAAGGAGGATTTCCCATATGTAACTTATTACTGCCCACACTEST: gi|33401939|gb|CF207566.1|CF207566
genomic: TCCAACAGAGTCTTATGCACTTATATGTGGAAACTGTCATATGCATAATGgtaagtggag ... ttttgtgcagGACTTGCCCGGAAGGAGGATTTCCCATATGTAACTTATTACTGCCCACACT
EST: TCCAACAGAGTCTTATGCACTTATATGTGGAAACTGTCATATGCATAATG GACTTGCCCGGAAGGAGGATTTCCCATATGTAACTTATTACTGCCCACACTEST: gi|33401688|gb|CF207315.1|CF207315
genomic: TCCAACAGAGTCTTATGCACTTATATGTGGAAACTGTCATATGCATAATGgtaagtggag ... ttttgtgcagGACTTGCCCGGAAGGAGGATTTCCCATATGTAACTTATTACTGCCCACACT
EST: TCCAACAGAGTCTTATGCACTTATATGTGGAAACTGTCATATGCATAATG GACTTGCCCGGAAGGAGGATTTCCCATATGTAACTTATTACTGCCCACACT
genomic: TCCAACAGAGTCTTATGCACTTATATGTGGAAACTGTCATATGCATAATGgtaagtggag ... ttttgtgcagGACTTGCCCGGAAGGAGGATTTCCCATATGTAACTTATTACTGCCCACACT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CATGATGGGGGATGGATTGCTCGAATTGCTGCACTACTTGTGGGGGAGGATCCAACAGAGTCTTATGCACTTATATGTGGAAACTGTCATATGCATAATGgtaagtggagtgaggacctcatccttacaaaatgtatttctgcttcaggattacttttgttcatcattacttttttcctccatgtcccctactgttaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tacaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcctcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccctac