Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGTAACCTTGTGAAATTGTATGGGTGCTGCATTGAAGGAGTAAACCGATCACTTGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGCCTTGATCAAGCACTATTTGgtaagagttagcaccttagcagctctagccatcgtgacattttcttaagaaaacaaaatgaatacagttatggttgttattcatgaacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0055g00590.t01
intron # 46
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0055g00590.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 46
lower sequence: GLYMA09G15200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 20
CGTAACCTTGTGAAATTGTATGGGTGCTGCATTGAAGGAGTAAACCGATCACTTGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGCCTTGATCAAGCACTATTTGgtaagagttagcaccttagcagctctagccatcgtgacattttcttaagaaaacaaaatgaatacagttatggtt-gttattcatgaacag---------
||||| ||||| || || ||||| || ||||||||||||   ||  ||    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| || | |     ||      |||    ||    | || |   ||   | | | |   ||| |   || ||||  ||||     |||           
CGTAATCTTGTTAACTTATATGGATGTTGCATTGAAGGAAATAAAAGACTTTTGGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGTCTTGATCATGCAATATTTGgtatgattgatgttattttatattctgtgtatatatatatatatatatatatatatagcaaatgcttgtaaggtttattatgtgcaaaccattatttttt

upper sequence: Vv12s0055g00590.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 46
lower sequence: GLYMA08G25590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 23
CGTAACCTTGTGAAATTGTATGGGTGCTGCATTGAAGGAGTAAACCGATCACTTGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGCCTTGATCAAGCACTATTTGgtaagag------------------ttagcaccttagca-----gctctagccatcgtgacattttc-ttaagaaaacaaaatgaatacagttatggttgttattcatgaacag
||||| || || ||||| ||||| || |||||||| ||    ||  ||   ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | ||||||| |||                  | ||    |  | |     |||       |  |  ||||||| ||   | ||  || | |  ||| || |||||  | ||  ||  |||
CGTAATCTGGTCAAATTATATGGATGTTGCATTGAGGGGAGTAAAAGACTGCTTGTCTATGAGTATCTAGAAAATAAGAGTCTTGATCAAGCATTGTTTGgtatgagaaaatgatactttttttttcagtgtatatgtatgaatgcttatttgtttttctcattttcatttgtataaataactaaggacaattgtggtt--tgttt-tgggcag

upper sequence: Vv12s0055g00590.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 46
lower sequence: GLYMA08G25600.1 (Glycine max), 5'ss of exon 20
CGTAACCTTGTGAAATTGTATGGGTGCTGCATTGAAGGAGTAAACCGATCACTTGTCTATGAGTATCTTGAAAACAAGAGCCTTGATCAAGCACTATTTGgtaagag-----------------ttagcaccttagca-----gctctagccatcgtgacattttc-ttaagaaaacaaaatgaatacagttatggttgttattcatgaacag
||||| || || ||||| ||||| || |||||||| ||    ||  ||   ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||| | ||||||| |||                 | ||    |  | |     |||       |  |  ||||||| ||   | ||  || | |  ||| || |||||  | ||  ||  |||
CGTAATCTGGTCAAATTATATGGATGTTGCATTGAGGGGAGTAAAAGACTGCTTGTCTATGAATATCTAGAAAATAAGAGTCTTGATCAAGCATTGTTTGgtatgagaaaatgatacttttttttcagtgtatatgtatgaatgcttatttgtttttctcattttcatttgtataaataactaaggacaattgtggtt--tgttt-tgggcag