Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACTTCACTTCTTGAAAAGGCCAAGTCCAAAGGTGTCTCACTACTTCTCCCCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgcttgtccttctttttggaaaaaaatttccctgccccaaactctctcagaaaatattttcctcaactatccattgatatgtattatgataatttgtttctgaaagggttaaaaacttctgttcaatgtttttgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0085g00370.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0085g00370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA15G41550.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
AACTTCACTTCTTGAAAAGGCCAAGTCCAAAGGTGTCTCACTACTTCTCCCCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgcttgtccttctttttggaaaaaaatttccctgccccaaactctctcagaaaatattttcctcaactatccattgatatgtattatgataatttgtttctgaaagggttaaaaacttctgttcaatgtttttgcag
|||| |||||||||||||||||||| | ||||| || ||  |  | || ||  | |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||           | ||| |  || ||      |||             |    | |  | |||      |||  |    |   ||| |  ||||| |||  |      |   | ||  |                        
AACTACACTTCTTGAAAAGGCCAAGGCTAAAGGGGTTTCTTTGTTGCTTCCAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtac---------tgcttttcattagagttgggtttatggaatgtttggttctgcggtgagtata-----caaaaagttgt--gtattttatatgaaaatccga----aagcagattgga------------------------

upper sequence: Vv19s0085g00370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G17600.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
AACTTCACTTCTTGAAAAGGCCAAGTCCAAAGGTGTCTCACTACTTCTCCCCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgcttgtccttctttttggaaaaaaatttccctgccccaaactctctcagaaaatattttcctcaactatccattgatatgtattatgataatttgtttctgaaagggttaaaaacttctgttcaatgtttttgcag
|||| ||||||| |||||||||||| | ||||| || ||  |  | || ||  | ||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||           | ||| |  || ||      |||        |    | |||  |  || ||        || |   |||| |   | |||||  ||    |     |   | ||  |                        
AACTACACTTCTCGAAAAGGCCAAGGCTAAAGGGGTTTCTTTGTTGCTTCCAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtac---------tgcttttcattagagttgggtttatggaatgcttcgtttcttggtgaacat--------acaaaaaattg-tgcattttatgtgaaa--atccaaaagcagattgga------------------------

upper sequence: Vv19s0085g00370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G79550.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
AACTTCACTTCTTGAAAAGGCCAAGTCCAAAGGTGTCTCACTACTTCTCCCCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgcttgtccttctttttggaaaaaaatttccctgccccaaactctctcagaaaatattttcctcaactatccattgatatgtattatgata-atttgtttctgaaagggttaaaaacttctgttcaatgtttttgcag
||  |||||  | || || || ||| ||||||||||||| ||  | |||||  | ||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||   | |    ||| || |  |||      | | ||  ||  |||           |||| ||||          ||   |    |  |   ||| | || ||  |||   ||                               
AAAGTCACTCATGGAGAAAGCAAAGGCCAAAGGTGTCTCTCTCTTGCTCCCAACCGATGTGGTTATTGCTGACAAGTTTGCTCCCGATGCTAACAGCAAGgtaactatcacagtcattgtggttg------actctcaatgggccatgtatgaaagtaaaacatttaagcgtctggtctggtctctttaaagctgacacatatgactcttgcag-------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110397873|gb|EC963830.1|EC963830
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTC
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTC
EST: gi|349828157|gb|FQ415485.1|FQ415485
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|349824307|gb|FQ417718.1|FQ417718
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71883278|gb|DT032333.1|DT032333
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|77588624|gb|DV223525.1|DV223525
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|30125952|gb|CB911291.1|CB911291
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|351053335|gb|FQ459203.1|FQ459203
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71888929|gb|DT037984.1|DT037984
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71881435|gb|DT030490.1|DT030490
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71881347|gb|DT030402.1|DT030402
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71883560|gb|DT032615.1|DT032615
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71881063|gb|DT030118.1|DT030118
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCG
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCG
EST: gi|71885690|gb|DT034745.1|DT034745
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|349828158|gb|FQ415486.1|FQ415486
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|77578472|gb|DV218021.1|DV218021
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|77580822|gb|DV219326.1|DV219326
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|30303547|gb|CB980341.1|CB980341
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|30132102|gb|CB917441.1|CB917441
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71880236|gb|DT029291.1|DT029291
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71887650|gb|DT036705.1|DT036705
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71877456|gb|DT026511.1|DT026511
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71878631|gb|DT027686.1|DT027686
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|110700457|gb|EE078517.1|EE078517
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71890004|gb|DT039059.1|DT039059
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71884116|gb|DT033171.1|DT033171
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71879520|gb|DT028575.1|DT028575
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGGCTGGATATCGG
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGG-CTGGATATCGG
EST: gi|28962808|gb|CB341841.1|CB341841
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGGTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|30305376|gb|CB982170.1|CB982170
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|110387417|gb|EC952080.1|EC952080
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATA
EST: gi|351012744|gb|FQ430307.1|FQ430307
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|110731726|gb|EE106391.1|EE106391
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|110359104|gb|EC920037.1|EC920037
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCA
EST: gi|30126615|gb|CB911954.1|CB911954
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|30254164|gb|CB971179.1|CB971179
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71888994|gb|DT038049.1|DT038049
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71876777|gb|DT025832.1|DT025832
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|22012404|gb|BQ797438.1|BQ797438
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71867965|gb|DT017020.1|DT017020
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71878679|gb|DT027734.1|DT027734
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|37187849|gb|CF607202.1|CF607202
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|71877959|gb|DT027014.1|DT027014
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
EST: gi|351027624|gb|FQ446788.1|FQ446788
EST:     CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG                         GTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA
genomic: CCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgc ... gtttttgcagGTTGTCCCTGCATCCTGTATTCCAGATGGTTGGATGGGGCTGGATATCGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AACTTCACTTCTTGAAAAGGCCAAGTCCAAAGGTGTCTCACTACTTCTCCCCGCAGATGTTGTGATTGCTGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtttgtttgcttgtccttctttttggaaaaaaatttccctgccccaaactctctcagaaaatattttcctcaactatccattgatatgtattatgataatttgtttctgaaagggttaaaaacttctgttcaatgtttttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG