1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
TTGAGTGCTGCTGTGGGTATTGCTGGACGTTCTGCTGAAGCTGATGTTCGTGCTGGTGATGGTGGTTATGCTGCTTGCTATACCTACAGCTGCTGTAAAGgtacaccatgattgtaaaattgtgacatttttaataaccagaagttcgaatttcggattaattttgctcaagtgaactccaattcagctacatgccacct...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0014g00860.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCTGCTTGCTATACCTACAGCTGCTGTAAAG GTGCATTTGTTGGGTGCTCCCTCAAAGGGAACATTGTCACAACCCGCTCACEST: gi|110398966|gb|EC965450.1|EC965450
genomic: TGCTGGTGATGGTGGTTATGCTGCTTGCTATACCTACAGCTGCTGTAAAGgtacaccatg ... gattttccagGTGCATTTGTTGGGTGCTCCCTCAAAGGGAACATTGTCACAACCCGCTCAC
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atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGAGTGCTGCTGTGGGTATTGCTGGACGTTCTGCTGAAGCTGATGTTCGTGCTGGTGATGGTGGTTATGCTGCTTGCTATACCTACAGCTGCTGTAAAGgtacaccatgattgtaaaattgtgacatttttaataaccagaagttcgaatttcggattaattttgctcaagtgaactccaattcagctacatgccacct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaccagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagtgaa