1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GATGTTGCCCAGTTCTCAACTCCACGGCGGCTAACAACAGATGAAATCCCTCAAGTTGTAAATGATTTTAGACTTGCTGCAAGGAATGCTATTGAAGCTGgtatgtgatattttcaattaaaataaattttggtgatggtgaacaacatttgattagccaaatcatagcatttgaaggtacaaacccgttatcatgaatg...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv18s0041g02080.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCAAGTTGTAAATGATTTTAGACTTGCTGCAAGGAATGCTATTGAAGCTG GATTTGATGGAGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTACTTGACCAGTEST: gi|33404250|gb|CF209877.1|CF209877
genomic: TCAAGTTGTAAATGATTTTAGACTTGCTGCAAGGAATGCTATTGAAGCTGgtatgtgata ... caatatgtagGATTTGATGGAGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTACTTGACCAGT
EST: TCAAGTTGTAAATGATTTTAGACTTGCTGCAAGGAATGCTATTGAAGCTG GATTTGATGGAGTTGAGATCCA-GATCGCTCATGGCTACCTACTTGACCAGEST: gi|110375633|gb|EC940640.1|EC940640
genomic: TCAAGTTGTAAATGATTTTAGACTTGCTGCAAGGAATGCTATTGAAGCTGgtatgtgata ... caatatgtagGATTTGATGGAGTTGAGATCCATGGG-GCTCATGGCTACCTACTTGACCAG
EST: TCAAGTTGTAAATGATTTTAGACTTGCTGCAAGGAATGCTATTGAAGCTG GATTTGATGGAGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTACTTGACCAGTEST: gi|33404329|gb|CF209956.1|CF209956
genomic: TCAAGTTGTAAATGATTTTAGACTTGCTGCAAGGAATGCTATTGAAGCTGgtatgtgata ... caatatgtagGATTTGATGGAGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTACTTGACCAGT
EST: TCAAGTTGTAAATGATTTTAGACTTGCTGCAAGGAATGCTATTGAAGCTG GATTTGATGGAGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTACTTGACCAGTEST: gi|27581933|gb|CB004628.1|CB004628
genomic: TCAAGTTGTAAATGATTTTAGACTTGCTGCAAGGAATGCTATTGAAGCTGgtatgtgata ... caatatgtagGATTTGATGGAGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTACTTGACCAGT
EST: TCAAGTTGTAAATGATTTTAGACTTGCTGCAAGGAATGCTATTGAAGCTG GATTTGATGGAGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTACTTGACCAGT
genomic: TCAAGTTGTAAATGATTTTAGACTTGCTGCAAGGAATGCTATTGAAGCTGgtatgtgata ... caatatgtagGATTTGATGGAGTTGAGATCCATGGGGCTCATGGCTACCTACTTGACCAGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GATGTTGCCCAGTTCTCAACTCCACGGCGGCTAACAACAGATGAAATCCCTCAAGTTGTAAATGATTTTAGACTTGCTGCAAGGAATGCTATTGAAGCTGgtatgtgatattttcaattaaaataaattttggtgatggtgaacaacatttgattagccaaatcatagcatttgaaggtacaaacccgttatcatgaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaacaac