Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGCCTCAAACTTAAAGgtgagtgttactttcttcggaggtatgcacatatgcttatgtgagttattaatttttagtgatactttttgttctagtaccatgaggacttggtgataaa...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0041g01360.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110699715|gb|EE076966.1|EE076966
EST:     TTCATGGGTGGCCTCAAACTTAAAG                         AAATATGCAATGCAACAAGCTTTCAAGACTTTGATGGGCCAGATGGATTCA
genomic: TTCATGGGTGGCCTCAAACTTAAAGgtgagtgtta ... tttctttcagAAATATGCAATGCAACAAGCTTTCAAGACTTTGATGGGCCAGATGGATTCA
EST: gi|161714077|gb|FC064378.1|FC064378
EST:     TTCATGGGTGGCCTCAAACTTAAAG                         AAATATGCAATGCAACAAGCTTTCAAGACTTTGATGGGCCAGATGGATTCA
genomic: TTCATGGGTGGCCTCAAACTTAAAGgtgagtgtta ... tttctttcagAAATATGCAATGCAACAAGCTTTCAAGACTTTGATGGGCCAGATGGATTCA
EST: gi|30136267|gb|CB921605.1|CB921605
EST:     CAAACTTAAAG                         AAATATGCAATGCAACAAGCTTTCAAGACTTTGATGGGCCAGATGGATTCA
genomic: CAAACTTAAAGgtgagtgtta ... tttctttcagAAATATGCAATGCAACAAGCTTTCAAGACTTTGATGGGCCAGATGGATTCA