Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatctctagatggaaataggatatcatggatcaagtgtgaccatggaatttctttttactgttatcttattattccttttcttcttgacatggt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g12750.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161712186|gb|FC061558.1|FC061558
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|161714080|gb|FC064381.1|FC064381
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|110697937|gb|EE075379.1|EE075379
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAGGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|161716110|gb|FC069483.1|FC069483
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|110718647|gb|EE095720.1|EE095720
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTTGGAAGTTATTCATGCTGC
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTT-GGAAGTTATTCATGCTGC
EST: gi|161714866|gb|FC063017.1|FC063017
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGT-ATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|110697939|gb|EE075381.1|EE075381
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAGGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|110701299|gb|EE078705.1|EE078705
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAGGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|110684947|gb|EE062806.1|EE062806
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|110699416|gb|EE076394.1|EE076394
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|110718530|gb|EE095467.1|EE095467
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAGGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTAATTCATGCTGC
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTA-TTCATGCTGC
EST: gi|161717418|gb|FC067550.1|FC067550
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|110719756|gb|EE095160.1|EE095160
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|33401764|gb|CF207391.1|CF207391
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTAGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|110710884|gb|EE087453.1|EE087453
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|161709889|gb|FC060207.1|FC060207
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGAATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGG
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGA-TTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGG
EST: gi|110697936|gb|EE075378.1|EE075378
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAGGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|110720579|gb|EE096626.1|EE096626
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGANATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|71868003|gb|DT017058.1|DT017058
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
EST: gi|110698651|gb|EE076389.1|EE076389
EST:     GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAG                         TGGTTGGTAATGAAATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA
genomic: GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatc ... gttgttacagTGGTTGGTAATGAGATATGGGATATATAATTTGGAAGTTATTCATGCTGCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAGAGGAATTAACTAAAGAGGATTTTAAAGGGGTAAAGgtaaggcatctctagatggaaataggatatcatggatcaagtgtgaccatggaatttctttttactgttatcttattattccttttcttcttgacatggt

- AGAGGA
- - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaaata