Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAACGATGTTTTCGCGATCACAAATGCAGTTCCAGCCATAGCCCTCCTCTCCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTATGTTTTGGTGCAgtaagttccatagtctcactgtacctattgattgatgactctgtgattagtgattactgattacagttcccaataattattttctatttttgaaaaacaaaaacagtttaccttcagcttacaaaatcagtgtttggttacacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0050g01090.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110362018|gb|EC925524.1|EC925524
EST:     CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTCTGTTTTGGTGCA                         GGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
genomic: CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTATGTTTTGGTGCAgtaagttcca ... ggttacacagGGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
EST: gi|110387779|gb|EC952475.1|EC952475
EST:     CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTCTGTTTTGGTGCA                         GGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
genomic: CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTATGTTTTGGTGCAgtaagttcca ... ggttacacagGGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
EST: gi|34549741|gb|CF517973.1|CF517973
EST:     CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTATGTTTTGGTGCA                         GGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
genomic: CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTATGTTTTGGTGCAgtaagttcca ... ggttacacagGGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
EST: gi|34544824|gb|CF513056.1|CF513056
EST:     CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTATGTTTTGGTGCA                         GGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
genomic: CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTATGTTTTGGTGCAgtaagttcca ... ggttacacagGGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
EST: gi|110422537|gb|EC988863.1|EC988863
EST:     CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTCTGTTTTGGTGCA                         GGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
genomic: CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTATGTTTTGGTGCAgtaagttcca ... ggttacacagGGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
EST: gi|110388927|gb|EC953729.1|EC953729
EST:     CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTCTGTTTTGGTGCA                         GGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
genomic: CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTATGTTTTGGTGCAgtaagttcca ... ggttacacagGGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
EST: gi|110422253|gb|EC988569.1|EC988569
EST:     CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTCTGTTTTGGTGCA                         GGCTTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
genomic: CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTATGTTTTGGTGCAgtaagttcca ... ggttacacagGGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
EST: gi|110362556|gb|EC926099.1|EC926099
EST:     CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTCTGTTTTGGTGCA                         GGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT
genomic: CCTATGGCTTCTTCCACAAAGGCCTCGTCCCTGGTCTATGTTTTGGTGCAgtaagttcca ... ggttacacagGGCCTTGGAATTACCGTGTTTGGAATGGCCTACATGTTTGTCCACGATGGT