Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaattgatcttgatataccttgtgagcaattggcctttgggtaattttccagataatattgttctcatttttttatgttttattttgacaatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0048g02010.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0048g02010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA07G08320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaattgatcttgatatacctt-gtga--gcaattggcctttgggtaa---ttttccagataatattgttctcatttttttat----gttttattttgacaatgcag
||| |||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||| ||  | |   | |||   ||  ||  | |  | | |||  |||||  | |   |||||  | |  |    | ||  |||  ||||     | || |||   || | |||
ACAATCTCTTACATGGCTGAACGTGTGGTTGGGACTGGTTCTTTTGGTGTTGTTTTTCAGgtatttatattgttttttgcagtatttttataaatgtagttgttctttgctttactgttttcaggcttgttgattacttgtttgcttattgcaatattctttattcattccag

upper sequence: Vv15s0048g02010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA18G45960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaattgatcttgatatac-------cttgtgagcaattggcctttgggtaattttccagataat-------attgttctcatt-tttttatgttttattttgacaatgcag---
||| |||| |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||| |||  |||  | ||| | ||        || || || | |   ||||||  | | | | |     ||        ||  | || ||  || | || |||  |||||  || | |   
ACAATCTCATACATGGCAGAACGTGTGGTTGGCACTGGTTCTTTTGGTGTTGTTTATCAGgta-ttgatattttttttgctgtatttctttactcgtaagtattgatcctttgcttcactgttctatggatttgtctagttactttctttgcttatctgctttgctttgaatatactgtag

upper sequence: Vv15s0048g02010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA03G01850.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaattg----atcttgatataccttgtgagcaattggcctttgggtaattttccagataatattgttctcatttttttatgttttattt-tgacaatgcag
||| |||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||  | |||||||||||| ||  | |||    || || ||| |  | ||   |  ||| | ||||||    ||  ||  || | || |  | |||    |||  ||||||| |  ||      
ACAATCTCTTACATGGCTGAACGTGTGGTTGGTACTGGTTCTTTTGGTATTGTTTTTCAGgtatttatatttgcagtatttttataaatgtagttgtcctttg-cttttgggc---ttgtcaattacttttttgattattgcaatattctttatttgtttcag-----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349829752|gb|FQ421270.1|FQ421270
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|349828504|gb|FQ417246.1|FQ417246
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|351029954|gb|FQ430696.1|FQ430696
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|349823414|gb|FQ423225.1|FQ423225
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|351015296|gb|FQ445580.1|FQ445580
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|351015511|gb|FQ447340.1|FQ447340
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|110713030|gb|EE088592.1|EE088592
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAN
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|352773646|gb|FQ472428.1|FQ472428
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|349817714|gb|FQ407703.1|FQ407703
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|161713339|gb|FC063356.1|FC063356
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|351027217|gb|FQ444466.1|FQ444466
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|351026191|gb|FQ428203.1|FQ428203
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|110712065|gb|EE089258.1|EE089258
EST:     CATGGCTGANGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAA                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAAGTGCTGCAG
genomic: CATGGCTGA-GCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|71856597|gb|DT005652.1|DT005652
EST:     GGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: GGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|351025364|gb|FQ435056.1|FQ435056
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|34548045|gb|CF516277.1|CF516277
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
EST: gi|351021880|gb|FQ437667.1|FQ437667
EST:     ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAG                         GCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG
genomic: ACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTCGTTTTTCAGgtacttggaa ... gacaatgcagGCTAAATGCCTAGAAACAGGTGAAGCAGTGGCAATTAAGAAGGTGCTGCAG