Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGCTATCTGGAAAAAGCCTGCTGGGGATTCATGTCTCCCCAACCAAAATGAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgccttcaaaaatgtattcttaatttctgatttcccctccacaacttagagtatgaaaatggttatatatatatatgtaattttttgtggtcata...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0048g01990.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0048g01990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA07G08360.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
CTGCTATCTGGAAAAAGCCTGCTGGGGATTCATGTCTCCCCAACCAAAATGAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgccttcaaaaatgtattcttaatttctgatttcccctccacaacttagagtatgaaaatggttatatata-tatatgtaattttttgtggtcata-------
|||  |||||||||||||| || | |||    |||||||||||||||||||| ||||| || || || |||||||| || |||||  |||||| ||||||||||||   | ||  |   ||||  || ||  || ||||        |||||      |  | ||   | ||| ||  ||   |  ||| |  | |  | |       
CTGTGATCTGGAAAAAGCCAGCAGTGGAGATGTGTCTCCCCAACCAAAATGAATTTGGTCTAGACTTATGTGATGATTCAGATGACCCAAGTTTTGCATGgtaatt---tccagtaggctattgctagttagtgttttcttt-----aacttctttgcttcacatcactgtatttaacatccattgtttatgcttgctacacttttct

upper sequence: Vv15s0048g01990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA03G01870.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
CTGCTATCTGGAAAAAGCCTGCTGGGGATTCATGTCTCCCCAACCAAAATGAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgccttcaaaaatgtattcttaatttctgatttcccctccacaacttagagtatgaaaatggttatatatatatatgtaattttttgtggtcata-------
|||  |||||||||||||| || | |||    |||||||||||||||||||| ||||| || || || |||||||| || |||||  |||||| ||||||||||||   |||   |   ||||  || ||     |||  |||  || |  |    | | | | |  ||   || | ||   |  ||| |  | |  | |       
CTGTGATCTGGAAAAAGCCAGCAGCGGAGATGTGTCTCCCCAACCAAAATGAATTTGGTCTAGACTTATGTGATGATTCAGATGACCCAAGTTTTGCATGgtaatt---ttcggtaggctattgctagtt---agtttttcctgaactatctttgct-tcacattacttcattaaacatccattgtttatgcttgctacacatttct

upper sequence: Vv15s0048g01990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT4G00740.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
CTGCTATCTGGAAAAAGCCTGCTGGGGATTCATGTCTCCCCAACCAAAATGAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaa--ttgcctt------caaaaatgtattcttaatttctgatttcccctcca-caacttagagtatgaaaatggttatatatatatatgtaattttttgtggtcata-
|||  |||||||| ||||||| ||| ||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |    ||||| |||||||||    ||  |||       ||  ||||     | | || |||  |    |  | | |  || |  |  ||| ||    | | | | | |||  |||||     |   | 
CTGTCATCTGGAAGAAGCCTGTTGGAGATTCATGTCTACCTAGCCAGAATGAGTTTGGGCTTGAGTTGTGTGATGAGTCTGTTCCGCCAAGTGATGCATGgtgcgtttttcttgttgtataattatgtgcatgtgacttttgaactgtattgaaaccatgtaaaagacaaaattgaa-gtttttgtttttgttttttttgcctttttcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110701114|gb|EE078359.1|EE078359
EST:     GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATG                         GTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
genomic: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgcct ... aatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
EST: gi|110710132|gb|EE086201.1|EE086201
EST:     GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATG                         GTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACAAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
genomic: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgcct ... aatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
EST: gi|110687173|gb|EE064354.1|EE064354
EST:     GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATG                         GTACTTCCAGCTTAAGAAATGTGTGATGAGGAT--CCTCTGTCAAGGATGA
genomic: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgcct ... aatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
EST: gi|29783073|gb|CB348973.2|CB348973
EST:     GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATG                         GTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
genomic: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgcct ... aatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
EST: gi|110425458|gb|EC991843.1|EC991843
EST:     GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATG                         GTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGATGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
genomic: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgcct ... aatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
EST: gi|34545974|gb|CF514206.1|CF514206
EST:     GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATG                         GTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACAAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA
genomic: GAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgcct ... aatcttgcagGTACTTCAAGCTTAAGAAATGTGTGACGAGGATATCCTCTGTCAAGGATGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGCTATCTGGAAAAAGCCTGCTGGGGATTCATGTCTCCCCAACCAAAATGAGTTTGGGCTTGAATTGTGTGATGAATCTGATGATTCAAGTTATGCATGgtaattgccttcaaaaatgtattcttaatttctgatttcccctccacaacttagagtatgaaaatggttatatatatatatgtaattttttgtggtcata

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cccctcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgaaaa