Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGGAACTGGGAAAGTAAACTGGGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataataatggaaataaagggcgagtttcatgttttccccactagaaaaacatgataatggttttagtactggtttcaatcttgattcaagaaat...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0006g01790.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351041108|gb|FQ444085.1|FQ444085
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|352781654|gb|FQ468952.1|FQ468952
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|352778017|gb|FQ467070.1|FQ467070
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|71870097|gb|DT019152.1|DT019152
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|349826342|gb|FQ417839.1|FQ417839
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|349826549|gb|FQ418640.1|FQ418640
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|351055499|gb|FQ442295.1|FQ442295
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|352777870|gb|FQ466923.1|FQ466923
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|352763933|gb|FQ465383.1|FQ465383
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|351047302|gb|FQ454913.1|FQ454913
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|351055347|gb|FQ441945.1|FQ441945
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATCATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|352769825|gb|FQ468753.1|FQ468753
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|351019898|gb|FQ439715.1|FQ439715
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|77587229|gb|DV222748.1|DV222748
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|161712389|gb|FC061694.1|FC061694
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|352777639|gb|FQ466692.1|FQ466692
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|352768049|gb|FQ467448.1|FQ467448
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|351056118|gb|FQ453580.1|FQ453580
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|352768397|gb|FQ469573.1|FQ469573
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|351016119|gb|FQ432074.1|FQ432074
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|351043324|gb|FQ451376.1|FQ451376
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|351016022|gb|FQ431977.1|FQ431977
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|71873314|gb|DT022369.1|DT022369
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|351032857|gb|FQ461746.1|FQ461746
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|110425826|gb|EC992219.1|EC992219
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|351044375|gb|FQ452927.1|FQ452927
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATCTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|352790248|gb|FQ481447.1|FQ481447
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: gi|161718844|gb|FC066359.1|FC066359
EST:     GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG                         GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGGAACTGGGAAAGTAAACTGGGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataataatggaaataaagggcgagtttcatgttttccccactagaaaaacatgataatggttttagtactggtttcaatcttgattcaagaaat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggcgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttcccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caagaaa