Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatcagatatagtttttctttttcttgattatcaaattcaaacacgctagcattcttaagtatgatcatcttggagttcagaaactgttggatg...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0084g00620.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110689345|gb|EE065486.1|EE065486
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|110369676|gb|EC933841.1|EC933841
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|32459581|gb|CD800755.1|CD800755
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAACGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|30330499|gb|CD013761.1|CD013761
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|30330447|gb|CD013709.1|CD013709
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|22009195|gb|BQ794229.1|BQ794229
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|71890647|gb|DT039702.1|DT039702
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|27586714|gb|CB009409.1|CB009409
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|110397718|gb|EC963561.1|EC963561
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|110377315|gb|EC942381.1|EC942381
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|71875212|gb|DT024267.1|DT024267
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|71871923|gb|DT020978.1|DT020978
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|110421609|gb|EC987908.1|EC987908
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|110408091|gb|EC973714.1|EC973714
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|32459126|gb|CD800300.1|CD800300
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
EST: gi|71876171|gb|DT025226.1|DT025226
EST:     GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAG                         TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA
genomic: GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatc ... tttgctgcagTTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAAATAGTGGGCCAGGTACCAATGGTTGTCAGgtaattcatcagatatagtttttctttttcttgattatcaaattcaaacacgctagcattcttaagtatgatcatcttggagttcagaaactgttggatg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaattcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcagaaa