Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAACATGATATTGTGAAGAAAAGAATTGATGCCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaaccttatttttacccttttttcaaatcaaggaattgtttacatatcttgtattaatttgagatctgatgccattgcttctaaagaaatttt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0178g00020.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0178g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA05G24610.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
AAACATGATATTGTGAAGAAAAGAATTGATGCCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaaccttatttttacccttttttcaaatcaaggaattgtttacatatcttgt-attaatttgagatctgatgc-cattgcttctaaagaaatttt----
  |||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||  ||| | |||||||||||||  ||  |||||||   ||    ||| | |  |  ||||  | |  |  |  || |  | | | |||| |||| | |    | | ||     ||| |  ||||     |||    
CGACATAATATAGTGAAGAAAAGAATTGATGCTAATGGTAATGTGATAGAAGAGAGGAAGGATGGAATTGGTGCACCAAAGgttagctgaa----attctcaggcgcttttttactgcataa--tggtggcttgttttgtgattactgtagagttttatctattttgttgttaaattgcctttagaa

upper sequence: Vv12s0178g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G07840.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
AAACATGATATTGTGAAGAAAAGAATTGATGCCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaaccttatttttacccttttttcaaatcaa-ggaattgtttacatatcttgtattaatttgagatctgatgccattgcttctaaagaaatttt---
  |||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||  ||| | |||||||||||||  ||  |||||||   ||   || |    | ||||||| |   ||    | ||| || | |    | || ||  | ||| | |       ||| |  ||||     |||   
CGACATAATATAGTGAAGAAAAGAATTGATGCTAATGGTAATGTGATAGAAGAGAGGAAGGATGGAATTGGTGCACCAAAGgttagctgaaa--tactcaggcactttttttactgcattacagttgcttgcgttgtgtttacta--tagagttttatctattttgttgttaaattgcctttaga
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349830254|gb|FQ420514.1|FQ420514
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351017588|gb|FQ435941.1|FQ435941
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351032592|gb|FQ458957.1|FQ458957
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351046419|gb|FQ453035.1|FQ453035
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351032954|gb|FQ461843.1|FQ461843
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|110712317|gb|EE089798.1|EE089798
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|352791378|gb|FQ480957.1|FQ480957
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351037083|gb|FQ465075.1|FQ465075
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|161708936|gb|FC060479.1|FC060479
EST:     GTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: GTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351051772|gb|FQ455186.1|FQ455186
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351038305|gb|FQ460997.1|FQ460997
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351036806|gb|FQ457519.1|FQ457519
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351044765|gb|FQ449019.1|FQ449019
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351025136|gb|FQ433553.1|FQ433553
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351031032|gb|FQ444859.1|FQ444859
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|110711767|gb|EE088624.1|EE088624
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|349832977|gb|FQ416355.1|FQ416355
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351053700|gb|FQ440210.1|FQ440210
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351015973|gb|FQ431928.1|FQ431928
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|30296167|gb|CB972961.1|CB972961
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|352786840|gb|FQ481215.1|FQ481215
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351053378|gb|FQ455714.1|FQ455714
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351013633|gb|FQ429774.1|FQ429774
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351014796|gb|FQ437996.1|FQ437996
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351013590|gb|FQ429731.1|FQ429731
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|161718985|gb|FC068640.1|FC068640
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|349825901|gb|FQ423196.1|FQ423196
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|110689266|gb|EE065350.1|EE065350
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351034302|gb|FQ448099.1|FQ448099
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351016879|gb|FQ424306.1|FQ424306
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|294966371|gb|GW839478.1|GW839478
EST:     CCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCACAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGACAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGTAGGCTTGAACA
genomic: CCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCA-AGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACA
EST: gi|352789786|gb|FQ478601.1|FQ478601
EST:     CCCATGGTAATGTGGCAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|110359140|gb|EC920148.1|EC920148
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
EST: gi|351029738|gb|FQ427578.1|FQ427578
EST:     CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAG                         ATTGAAAAGCCATTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA
genomic: CCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaa ... gataatgcagATTGAAAAGCCGTTACAAAGACATGGTGGCAGGCTTGAACACAATGAAAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAACATGATATTGTGAAGAAAAGAATTGATGCCCATGGTAATGTGGTAGCAGTTAGGCAAGATGGAATTGGTGGCCCTCAGgttagtgaaaccttatttttacccttttttcaaatcaaggaattgtttacatatcttgtattaatttgagatctgatgccattgcttctaaagaaatttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaggaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagaaa