1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TGCCAAATGAACTTTAAGAGGCTTTCACTCACTGATATCAAAATTGACATCAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacatgtggaaaaaatgggaactcttttccatatttgatagtcatctttttcattatcttaatttttcttttgatggcag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0118g00670.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|37187972|gb|CF607323.1|CF607323
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|77580814|gb|DV219318.1|DV219318
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|110429198|gb|EC995687.1|EC995687
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|71869827|gb|DT018882.1|DT018882
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|34319412|gb|CF372166.1|CF372166
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|27581709|gb|CB004404.1|CB004404
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|110706377|gb|EE081851.1|EE081851
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|71865933|gb|DT014988.1|DT014988
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|34543799|gb|CF512031.1|CF512031
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|71880453|gb|DT029508.1|DT029508
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|110361702|gb|EC925195.1|EC925195
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|77577814|gb|DV217659.1|DV217659
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|352795130|gb|FQ477240.1|FQ477240
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|32460994|gb|CD802168.1|CD802168
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|351017039|gb|FQ424466.1|FQ424466
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: AAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|110428543|gb|EC995018.1|EC995018
genomic: AAAAGGGTGCCTAAG-AAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|110420972|gb|EC987259.1|EC987259
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|110424520|gb|EC990883.1|EC990883
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCCEST: gi|110714507|gb|EE091492.1|EE091492
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
EST: CAAAAGGGTGCCTAAGNNNNNNNCATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGG ATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
genomic: CAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacat ... ttgatggcagATGTTAAGAACAAGTGGGAGAATAGTTCCTGGGGCAGAAAGTTGATTGTCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGCCAAATGAACTTTAAGAGGCTTTCACTCACTGATATCAAAATTGACATCAAAAGGGTGCCTAAGAAAAAAACATTGATTGAAGCTATGAATGCCGCGGgtaatgacatgtggaaaaaatgggaactcttttccatatttgatagtcatctttttcattatcttaatttttcttttgatggcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC