Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttttatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcataacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g01380.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttttatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcat--aacag
||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| |    |||          |      ||| | |   |          | ||| | |   |  |  |  |  |  |  | |||
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctccagaagtgacttgggttttaagtttgtgatattggggtgttgctttgtgtgatggttttggttgtttggtttgagcag

upper sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G26890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttttatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcat--aacag
||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| |    |||          |      ||| | |   |          | ||| | |   |  |  |  |  |  |  | |||
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctgcagaagggacttgggtttgaagtttgtgatattggggtgttgctttgtgtgatggttttggttgtttggtttgagcag

upper sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttttatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcataacag
||| |||||||||||||| |||||  | ||||||||||| || ||||| ||||||||||||  |   | | ||||   ||  |   || |||   | ||| | |  |||  ||| || | |||| ||  ||     | |||
GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtagaagcaacttt--gaactctttttgtatttctgtatgt-atgatttggttgta-attgctgtt--tgacttgagcag

upper sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA09G28440.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttttatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcataacag
||| |||||||||||||| |||||  | |||||||||||||| || ||||| |||||||||   | || ||   | | |       || |||   | ||| | |   ||  ||| || | || | ||  ||     | |||
GGCTTGCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGGGCCAAAGGATGCGAGgtttgttt-tatggactcctaata-------ttgtattgctttatgtaatggtttggttgta-attgttgtt--tgacttgagcag

upper sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttttatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcat--aacag
||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| ||   |||          |      ||  | |   | |        | ||| | |   |  |  |  |  || |  | |||
GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcaggagaagtgacttgcctttgaagtt-gtgatattgtggtgttgctttgtatgatggttttggttgtttgctttgagcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33402276|gb|CF207903.1|CF207903
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|351015000|gb|FQ444289.1|FQ444289
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|110715060|gb|EE092677.1|EE092677
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|26263028|gb|CA814091.1|CA814091
EST:     GCTATGTTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|26261974|gb|CA813037.1|CA813037
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|349832316|gb|FQ420877.1|FQ420877
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|71869842|gb|DT018897.1|DT018897
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGACATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|351043060|gb|FQ443902.1|FQ443902
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|110712407|gb|EE089992.1|EE089992
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|18459584|gb|BM437862.1|BM437862
EST:     GGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|37184104|gb|CF603458.1|CF603458
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|26267581|gb|CA818644.1|CA818644
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|351025652|gb|FQ426666.1|FQ426666
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|34546837|gb|CF515069.1|CF515069
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|33402357|gb|CF207984.1|CF207984
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|110389857|gb|EC954729.1|EC954729
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|34546658|gb|CF514890.1|CF514890
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|33402921|gb|CF208548.1|CF208548
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|110684969|gb|EE062852.1|EE062852
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|110687640|gb|EE065280.1|EE065280
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|34319185|gb|CF371939.1|CF371939
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGA-GTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|110360898|gb|EC924341.1|EC924341
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|110425974|gb|EC992370.1|EC992370
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTTATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
EST: gi|37184006|gb|CF603360.1|CF603360
EST:     GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacat ... cgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGATTCATTATGGAAAGTGGGGCAAAGGGATGTGAGgtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttttatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcataacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG