Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGAACCTTGTCAGACTCTTGGGCTGTGGCACAGAGGGACAAGAAAAGCTGCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTGgtttgttctttgctccatttcattagaaacctatccatattccatatagtttgtagatacctaagcataaacatccaagatatgactttgctgactcaaatcttatttcctatttaatttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0116g00170.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32265213|gb|CD716802.1|CD716802
EST:     GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTG                         ATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
genomic: GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTGgtttgttctt ... ttaatttcagATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
EST: gi|30324695|gb|CD007957.1|CD007957
EST:     GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTG                         ATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
genomic: GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTGgtttgttctt ... ttaatttcagATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
EST: gi|32268591|gb|CD717750.1|CD717750
EST:     GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTG                         ATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
genomic: GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTGgtttgttctt ... ttaatttcagATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
EST: gi|32269309|gb|CD718468.1|CD718468
EST:     GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTG                         ATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
genomic: GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTGgtttgttctt ... ttaatttcagATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
EST: gi|32269226|gb|CD718385.1|CD718385
EST:     GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTG                         ATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
genomic: GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTGgtttgttctt ... ttaatttcagATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
EST: gi|30325436|gb|CD008698.1|CD008698
EST:     GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTG                         ATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
genomic: GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTGgtttgttctt ... ttaatttcagATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
EST: gi|32248381|gb|CD714200.1|CD714200
EST:     GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTG                         ATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
genomic: GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTGgtttgttctt ... ttaatttcagATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
EST: gi|32267557|gb|CD716520.1|CD716520
EST:     GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTG                         ATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
genomic: GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTGgtttgttctt ... ttaatttcagATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
EST: gi|32269958|gb|CD719117.1|CD719117
EST:     GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTG                         ATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG
genomic: GCTCATATATGAGTTCATGCCCAACAAAAGCCTTGATATCTTTATATTTGgtttgttctt ... ttaatttcagATGCAGATAAAAGGCAACAACTCAATTGGGAGATATGCCATAACATTATTG