Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0054g00010.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM5G868433_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattcatttctaat--gtatttatattgcaaatattttag--------
||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || || || |||||| | | ||||||||||||||||||  | |||||||||   | || || |  || |||  |||   || |          ||   | || |||| |||| |   | |  ||| ||  |  |  |  ||  |          
ATATTCAATGGCGTGTTCCTGAAAGTCAACAAGGCTACCATTAACATGCTTCGCAGGGTTGAGCCTTATGTTGCATATGGgtaa---tttctctttgctgatttaattattgtcttgctt----cttattttggtgtatttttcactcgaagtacgtagttgaaaagagatcatactgtgacctgtt

upper sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag
|| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||   | |||    ||   | ||||   |   || |  | | ||   || ||||      | | ||||||    |    |||   | ||||||
ATTTTCAATGGTGTATTTCTCAAAGTTAACAAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgt---ttacttccctgccatactta---tttaattatgattataggtttttata------actgctaatgagacttc--tgcttttgttttag

upper sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA07G02270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag
|| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||    ||  |||||  || |||||    | |||  |||   ||   |  | |||| || | |  |||||    |    |||   | || |||
ATTTTCAATGGTGTATTTCTCAAAGTTAACAAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCGTATGTGACTTATGGgtatgt----caa-cttttccttgtctta----cttatttaaa---tacgatgatttatt-tttactgttaatgagacttc--tgcttttgttctag

upper sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA09G06860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagta----tctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag
|| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||  |||| ||| |||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||     |   ||    ||| || || ||   | |  ||      | |    |   || ||||     | |||  | ||                  
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACCGTGAATATGCTGCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaagttcaacgacattgattgtcatatggttcattacctgcaccacgggttcttaatatttg---caaatccacttcag---------------

upper sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA15G18170.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagt----atctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag
|| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | || ||||| ||||||||||| || |||||||||||     |   |||   ||| || || |       ||     |   |     |  ||||| | ||  || | |  |                     
ATTTTTAATGGCGTCTTTCTTAAAGTGAACAAAGCTACAGTGAATATGCTCCATAGGGTAGAGCCTTATGTTACCTATGGgtaagtgaaagttcaactacattgattctcatggttcattacctgcaccatggttcttaatatt-tgcaaatccacttcag--------------------

upper sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT2G44120.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagta-tctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattc-atttctaatg-tatttatattgcaaatattttag
|| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | |||||| ||| | | ||||| || || |||||||| ||||| | | ||| | ||| |   |||   ||  ||  | ||||    |||||||  |||  |  || |   | |||| ||| | |  ||||          
ATCTTCAATGGTGTGTTTCTTAAGGTGAACAAGGCAACAGTAAACATGCTGCGCCGAGTTGAACCATACGTGACTTACGGgtatgcaatctgattctctctctttcaataggattatgtaaa----ctaaact-atatgctgctctaaaccgaatgatatatctggtgcag---------

upper sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S7_369V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
--------------------ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatctca-ctcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag---------------------------------------------------------------
                    || |||||||| || ||  | || |||||||| || ||  |||||||||||| |||||||||||| || || |||||||||| |||     | |||| | | |||| | | |||   |   |   ||   ||||  ||   | ||     | | | | |    ||   || |   | |                                                               
AACTGTTGAGGCTGAGGCAGATCTTCAATGGCGTATTCATGAAGGTGAACAAGGCTACCGTGAACATGTTGCGCAGGGTTGAGCCATACGTCACTTATGGgtgagttcgatatctctatggattttgtaagaattgaaggtagcatcattacttcgattgaaatcggcgtttagggaatcggtttaagaaaaccattgctaaacattgacttgggccgtacacagcagcaacacttattggacttcacttgttttattcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161719010|gb|FC067630.1|FC067630
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|33408299|gb|CF213926.1|CF213926
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|351030969|gb|FQ439005.1|FQ439005
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|110427908|gb|EC994363.1|EC994363
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|110362548|gb|EC926091.1|EC926091
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|71865492|gb|DT014547.1|DT014547
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|77588453|gb|DV223438.1|DV223438
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|110686521|gb|EE064257.1|EE064257
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|71870639|gb|DT019694.1|DT019694
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|33408211|gb|CF213838.1|CF213838
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|71873389|gb|DT022444.1|DT022444
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|34362333|gb|CF403918.1|CF403918
EST:     CTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGG
genomic: CTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|110362206|gb|EC925723.1|EC925723
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|110360464|gb|EC923584.1|EC923584
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|161716946|gb|FC068826.1|FC068826
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|110364696|gb|EC928138.1|EC928138
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|71873570|gb|DT022625.1|DT022625
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|161719477|gb|FC067687.1|FC067687
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|71873637|gb|DT022692.1|DT022692
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|110387232|gb|EC951884.1|EC951884
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|161714799|gb|FC063247.1|FC063247
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
EST: gi|110365131|gb|EC928904.1|EC928904
EST:     AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGG                         GTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGG
genomic: AAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatct ... aatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATATTCAATGGGGTGTTTCTTAAAGTGAACAAAGCAACAATGAACATGTTGCACAGGGTTGAGCCTTATGTGACTTATGGgtaagtatctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttag

- - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA