1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaaaactgtttcttgcaattgctactatcgcccagttctgttctagaagtgagaataaagctttatattggattttatttgatttcattttccacatttgtag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv09s0002g01460.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|37189512|gb|CF608861.1|CF608861
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGEST: gi|71859050|gb|DT008105.1|DT008105
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGG
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|110362184|gb|EC925700.1|EC925700
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTCEST: gi|77587480|gb|DV222899.1|DV222899
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTCEST: gi|110687019|gb|EE064061.1|EE064061
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|110703210|gb|EE079857.1|EE079857
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|30126762|gb|CB912101.1|CB912101
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|110361538|gb|EC925020.1|EC925020
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|161721504|gb|FC070070.1|FC070070
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|110689519|gb|EE065813.1|EE065813
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|161713092|gb|FC064279.1|FC064279
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|110367587|gb|EC931527.1|EC931527
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|71872575|gb|DT021630.1|DT021630
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|71858634|gb|DT007689.1|DT007689
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|33406072|gb|CF211699.1|CF211699
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTCEST: gi|110372712|gb|EC936899.1|EC936899
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTCEST: gi|110419119|gb|EC985321.1|EC985321
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTCEST: gi|71872925|gb|DT021980.1|DT021980
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|71861764|gb|DT010819.1|DT010819
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|87585450|gb|DY474163.1|DY474163
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTCEST: gi|71864864|gb|DT013919.1|DT013919
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|352794640|gb|FQ475138.1|FQ475138
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|71869646|gb|DT018701.1|DT018701
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|77582925|gb|DV220460.1|DV220460
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|110362746|gb|EC926298.1|EC926298
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|110389189|gb|EC954008.1|EC954008
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTCEST: gi|110692357|gb|EE071507.1|EE071507
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|34548015|gb|CF516247.1|CF516247
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTCEST: gi|37189418|gb|CF608767.1|CF608767
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGEST: gi|71858363|gb|DT007418.1|DT007418
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGG
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGEST: gi|71855375|gb|DT004430.1|DT004430
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAG
EST: GCTATGGTGCCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCEST: gi|110365307|gb|EC928089.1|EC928089
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATC
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|294966521|gb|GW837656.1|GW837656
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCTCAGCGCGCTAAATCAATGAAGTTEST: gi|110698923|gb|EE076973.1|EE076973
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGC-TCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTCEST: gi|161715927|gb|FC065510.1|FC065510
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|110405776|gb|EC971326.1|EC971326
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTEST: gi|161713167|gb|FC064317.1|FC064317
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCATGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTCEST: gi|110687222|gb|EE064445.1|EE064445
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaaaactgtttcttgcaattgctactatcgcccagttctgttctagaagtgagaataaagctttatattggattttatttgatttcattttccacatttgtag
- - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG