Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACTCTTGAGAATGATCTTGCAAAATTACGGGAGAAAGGTGTTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgattttgacataactgataattccatggaccacagataagaaattttcaggaggctatgatgattgtgttcagcataacatgggtatgtgctttga...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0056g00200.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
AACTCTTGAGAATGATCTTGCAAAATTACGGGAGAAAGGTGTTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgattttgacataactg-----ataattccatggaccacagataagaaatttt-caggaggctat------gatgattgtgttcagcat-----aacatgggtatgtgctttga---------------------------------
 || || |||| ||||||| |  |  | || || || ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||  | |||||||| || ||||| || |||||||||  || || |  ||  |       | |  ||||  ||     |||   || | | |||   |||||      | || |||  ||||  ||     ||  |    |  || | |                                   
GACACTAGAGAGTGATCTTTCTCAGCTTCGTGACAAGGGTATTGATGCACGGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGCTATGAGgtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacag

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
AACTCTTGAGAATGATCTTGCAAAATTACGGGAGAAAGGTGTTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgattttgacataactgataattccatggaccacagataagaaattttcaggaggctatgatgattgtgttcagcataacatgggtatgtgctttga
 || || ||||||||||||    |  |  | | ||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||  | |||||||| |||||||| |||||||||||      ||        | | |    ||  |  ||| |    | |  ||   ||     |   | ||| |||| |  ||      |             
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTAGAGCGAAGGGTGTTGATGCACAAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactttttcccgttca-agcatcagtgttcactgtctggcacctt---ggcttacagttttattttgtttaatatcttccag-------------

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G146778_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
AACTCTTGAGAATGATCTTGCAAAATTACGGGAGAAAGGTGTTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgt--atgatt-ttgacataactgataattccatggaccacagataagaaattttcaggaggctatgatgattgtgttcagcataacatgggtatgtgctttga
 || || ||||||||||||    |  | || |  || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||| || ||||| |||||||||||  ||| || ||| | ||    |  ||  ||  |  ||  |   || |  | |  |    |  |  || ||||||| |  |       |             
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgtttcttgtcgtattcaagcat--cagtgttcattgtctagca--tcttggcttacagttttg-ttgtgtttaataccttccag-------------

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G053420_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
AACTCTTGAGAATGATCTTGCAAAATTACGGGAGAAAGGTGTTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgt--atgatttt-----------gacataactgataatt--------ccatggaccacagataagaaattttcaggag--gctatgatgattgtg-ttcagcataacatgggtatg-tgctttga
 || || ||||||||||||    |  | || |  || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||| || ||||| |||||||||||  ||| || |             ||| | || | |||         | |||   |||| |  |   | || |  |    |||  |||| || | |   |   ||| ||| |  | ||||| | 
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgtttcttgtcgtattcaagcattagtgttcattgtctagcatcttggcttacagttttgttgtgtttaataccttctagaatgactgggatgtggttaaacgtggctgggatgcttag-

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
AACTCTTGAGAATGATCTTGCAAAATTACGGGAGAAAGGTGTTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgt--atgatt-ttgacataactgataattccatggaccacagataagaaattttcaggaggctatgatgattgtgttcagcataacatgggtatgtgctttga
 || || ||||||||||||    |  | || |  || ||| |||||||||||||||| |||||||| ||  | |||||||| || ||||| |||||||||||  ||| || ||| | ||    |  ||  ||  |  ||  |   || || ||   ||     |   |  ||||||| |  |       |             
GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgtttcttgtcgtattcaagcat--cagtgttcattgtctagcaactt---ggcttacagttttgttgtgtttaataccttccag-------------

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
AACTCTTGAGAATGATCTTGCAAAATTACGGGAGAAAGGTGTTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgta---tgattttgacataactgataattccatggaccacagataagaaatttt-caggaggctatgatgattgtgttcagcataacatgggtatgtgctttga
||| || || |||||||||||||| || || |||||||||||||||||   ||| ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||   |||  | || || ||    | ||| |   | ||| || |       || | |     ||      |    | | |  |    | |  ||   |     
AACCCTAGAAAATGATCTTGCAAACTTGCGTGAGAAAGGTGTTGATGCTAGGATAGCATCAGGTGGAGGTCGTATGAATGTCACAATGGATCGTTATGAGgtatagtgacctggaaatgaccttcagttc-acataacacggacatatttcattactgctcattactgcactcccatacggattttagttgtaataccccc---

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT3G08590.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
AACTCTTGAGAATGATCTTGCAAAATTACGGGAGAAAGGTGTTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgattttgacataactgataattccatggaccacagataagaaattttcaggaggctatgatgattgtgttcagcataacatgggtatgtgctttga--
|||||||||   ||| || ||    ||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||       | ||   ||  | |   | || |  |  |  | |   | |  ||     | |    || |  | ||   |    ||  |   | | |||   
AACTCTTGAAGCTGACCTAGCTGCTTTACGTGCGAAAGGTGTTGATGCTCAGGTTGCATCTGGTGGAGGTCGAATGTATGTCACAATGGACCGTTATGAGgta-------ggcaatgcttgtgagatcttgtatgaatgtcatgccttgtctagtctagtttagaaat-gaatccaatttt---tgctttccttccttgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110418028|gb|EC984140.1|EC984140
EST:     AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: gi|110732942|gb|EE108671.1|EE108671
EST:     GATTGCATCTGGGTGGAAGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAATTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCCAGTTCTTGGTGAA
genomic: GATTGCATCTGG-TGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: gi|110720573|gb|EE096613.1|EE096613
EST:     AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: gi|110719729|gb|EE095112.1|EE095112
EST:     GGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
genomic: GGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: gi|71855950|gb|DT005005.1|DT005005
EST:     AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATTCCCAAGTTCTTGGTGAA
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: gi|37183639|gb|CF602993.1|CF602993
EST:     AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: gi|29785096|gb|CB341824.2|CB341824
EST:     AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: gi|110720962|gb|EE097416.1|EE097416
EST:     AGATTGCATCTGGTGGAAGTCGTATGTAGGTGACAATGAATCGTTATGAG                         AA-GAATGGGAA
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAA
EST: gi|110357218|gb|EC920600.1|EC920600
EST:     AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: gi|71881840|gb|DT030895.1|DT030895
EST:     AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: gi|110718255|gb|EE094880.1|EE094880
EST:     AAATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGAATGCC-AAGTTCTTGGGGA
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGA-TGCCCAAGTTCTTGGTGA
EST: gi|161711748|gb|FC058304.1|FC058304
EST:     GGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
genomic: GGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: gi|33409359|gb|CF214986.1|CF214986
EST:     AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: gi|110723612|gb|EE101122.1|EE101122
EST:     AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG                         AATGATTGGGAAAGT-GTAAAACGTGGATGGGGATGCC-AAGTTCTTGGTG
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAA-GTTGTAAAACGTGGATGGG-ATGCCCAAGTTCTTGGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AACTCTTGAGAATGATCTTGCAAAATTACGGGAGAAAGGTGTTGATGCACAGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgattttgacataactgataattccatggaccacagataagaaattttcaggaggctatgatgattgtgttcagcataacatgggtatgtgctttga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taagaaa