1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TGTTGTCGGGAAGTTGCAGAGAAGTACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATGgtatgattgtttttatcatatgaatataaatacaagagggggtgtgtgagtgtttgtttcaagagcaaacctagtggtgttgaaatttatccaccatgct...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0040g01700.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGGATGATG CTTGTGAAGAA-CCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCCCTAAC-TCTAEST: gi|33406750|gb|CF212377.1|CF212377
genomic: ACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATGgtatgattgt ... gaataaacagCTTGTGAAGAATCCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCC-TAACCTCTA
EST: ACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATG CTTGTGAAGAATCCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCCEST: gi|110723902|gb|EE099271.1|EE099271
genomic: ACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATGgtatgattgt ... gaataaacagCTTGTGAAGAATCCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCC
EST: ACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATG CTTGTGAAGAATCCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAACCTCTATEST: gi|351019648|gb|FQ439465.1|FQ439465
genomic: ACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATGgtatgattgt ... gaataaacagCTTGTGAAGAATCCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAACCTCTAT
EST: ACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATG CTTGTGAAGAATCCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAACCTCTATEST: gi|110712688|gb|EE087955.1|EE087955
genomic: ACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATGgtatgattgt ... gaataaacagCTTGTGAAGAATCCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAACCTCTAT
EST: ACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATG CTTGTGAAGAATCCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAACCTCTATEST: gi|27585749|gb|CB008444.1|CB008444
genomic: ACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATGgtatgattgt ... gaataaacagCTTGTGAAGAATCCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAACCTCTAT
EST: ACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATG CTTGTGAAGAATCCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAACCTCTAT
genomic: ACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATGgtatgattgt ... gaataaacagCTTGTGAAGAATCCTGCGCTTTTTGATGTGTTGGTGATGCCTAACCTCTAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTTGTCGGGAAGTTGCAGAGAAGTACCCAGAGATAAAATATGAGGAAGTTGTCATTGACAATTGCTGTATGATGgtatgattgtttttatcatatgaatataaatacaagagggggtgtgtgagtgtttgtttcaagagcaaacctagtggtgttgaaatttatccaccatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaataca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagcaaa