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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtcagtttgaaatctacagtttcttgtctttctttcttttctgctttttttttaaatgtataccagaagtttgaaatctgcatttgcttttag...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0040g01630.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351031601|gb|FQ459858.1|FQ459858
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351019552|gb|FQ439369.1|FQ439369
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351045913|gb|FQ441296.1|FQ441296
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351054135|gb|FQ450217.1|FQ450217
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351037841|gb|FQ464282.1|FQ464282
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351015919|gb|FQ431874.1|FQ431874
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351048601|gb|FQ448875.1|FQ448875
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351037852|gb|FQ464293.1|FQ464293
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351023294|gb|FQ432677.1|FQ432677
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|349828488|gb|FQ417230.1|FQ417230
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|122688630|gb|EC920009.1|EC920009
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351049390|gb|FQ449991.1|FQ449991
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351042935|gb|FQ451229.1|FQ451229
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|349826497|gb|FQ418588.1|FQ418588
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351037891|gb|FQ465129.1|FQ465129
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351055498|gb|FQ442294.1|FQ442294
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATCAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351026072|gb|FQ428084.1|FQ428084
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351047717|gb|FQ455114.1|FQ455114
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|122689997|gb|EC938839.1|EC938839
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351035274|gb|FQ459541.1|FQ459541
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
EST: gi|351052410|gb|FQ452443.1|FQ452443
EST:     TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTG                         GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG
genomic: TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtc ... tattacgcagGAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TGAATGCTTCAGATTTTGGTCTGGATATTGAAGACTATTTAATTGgtgagttgtcagtttgaaatctacagtttcttgtctttctttcttttctgctttttttttaaatgtataccagaagtttgaaatctgcatttgcttttag

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