Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaaattctaaatatcatgtcctgttgatagtctacagtagtcatgcaattttgatattctttttcaatattttgagccatttatgatttgagc...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g07290.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0007g07290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G048703_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaaattctaaatatcatgtcctgttgatagtctacagtagtcatgcaattttgatattctttttcaatattttgagccatttatgatttgagc--
||| |||| ||    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| || ||||| ||| |||| ||  ||   |   | |||||     |||   |   ||| | |  |        ||||  ||  |||      ||    |  |||  || | ||||||  
GATCCTGCAAACCAGAATGGTGGCAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAGGCAGTTTCAGGTCGATTTTGGGAGGATTTGgtaagtgaa--cttgtactatcaatgtatgtgcttttactagattgtttgctgccgtttgtcatattttggttgaatccaaactcatccattacttgagccc

upper sequence: Vv08s0007g07290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G27010.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaaat-tctaaatatcatgtcctgttgatagtctacagtagt-catgcaattttgatattctttttcaatattttgagccatttatgatttgagc
|| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||||||||| || || |||||||| || ||||| || ||||| ||   |||| | |  || |   ||  | |  ||| ||     ||     |     | ||  ||  || |  || || || |  |  | ||   ||||  
GACTCTGCTAACTGCAATGGTGGTAAATGGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaaatattttcatctgtagtattttgtatattccttgataaaatgtatgggtatggcatgattatggaaaatattaacactctaatttattga--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22010406|gb|BQ795440.1|BQ795440
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTTTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|27584274|gb|CB006969.1|CB006969
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110707560|gb|EE084097.1|EE084097
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110392292|gb|EC957611.1|EC957611
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|18458812|gb|BM437090.1|BM437090
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|71868753|gb|DT017808.1|DT017808
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|77578922|gb|DV218274.1|DV218274
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|32271452|gb|CD720611.1|CD720611
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|32271176|gb|CD720335.1|CD720335
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|34416028|gb|CF414782.1|CF414782
EST:     GTCGTGTCAGTTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCANCTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110398676|gb|EC965147.1|EC965147
EST:     GTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|161706472|gb|FC054993.1|FC054993
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGGATTATTGGTGGATAAACATATG
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTG-ATTAT-GGTG-ATAA-CATATG
EST: gi|37184327|gb|CF603681.1|CF603681
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|71874537|gb|DT023592.1|DT023592
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|71871671|gb|DT020726.1|DT020726
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110715382|gb|EE093367.1|EE093367
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110412503|gb|EC978253.1|EC978253
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110703618|gb|EE080622.1|EE080622
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|33410042|gb|CF215669.1|CF215669
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|71868631|gb|DT017686.1|DT017686
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|22010193|gb|BQ795227.1|BQ795227
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTTTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110368476|gb|EC932455.1|EC932455
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|22010553|gb|BQ795587.1|BQ795587
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTTTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|161718984|gb|FC068639.1|FC068639
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110409610|gb|EC975276.1|EC975276
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110395237|gb|EC960891.1|EC960891
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|27580004|gb|CB002699.1|CB002699
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|71866632|gb|DT015687.1|DT015687
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110706237|gb|EE081585.1|EE081585
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110709127|gb|EE084314.1|EE084314
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|87586503|gb|DY474749.1|DY474749
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110366710|gb|EC930626.1|EC930626
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|34416554|gb|CF415308.1|CF415308
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|33409969|gb|CF215596.1|CF215596
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|46910239|gb|CN545614.1|CN545614
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|71856869|gb|DT005924.1|DT005924
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|37184453|gb|CF603807.1|CF603807
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|71874294|gb|DT023349.1|DT023349
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|37183972|gb|CF603326.1|CF603326
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|30135098|gb|CB920436.1|CB920436
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGC
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|32245941|gb|CD711760.1|CD711760
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110398076|gb|EC964178.1|EC964178
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|22010279|gb|BQ795313.1|BQ795313
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTTTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|254914253|gb|GR906354.1|GR906354
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|71865585|gb|DT014640.1|DT014640
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110394098|gb|EC958585.1|EC958585
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110709277|gb|EE084597.1|EE084597
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|34320347|gb|CF373101.1|CF373101
EST:     AGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: AGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|349827438|gb|FQ422306.1|FQ422306
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|34415773|gb|CF414527.1|CF414527
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|32249585|gb|CD715404.1|CD715404
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|161718168|gb|FC068899.1|FC068899
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110376805|gb|EC941884.1|EC941884
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|32248165|gb|CD713984.1|CD713984
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110417002|gb|EC983022.1|EC983022
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110703405|gb|EE080220.1|EE080220
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|37188704|gb|CF608053.1|CF608053
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|110393740|gb|EC959193.1|EC959193
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
EST: gi|71855507|gb|DT004562.1|DT004562
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACT
EST: gi|110393896|gb|EC959460.1|EC959460
EST:     GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTG                         GTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT
genomic: GGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaa ... gataatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATTCTGCTAATTGCAATGGTGGTAAGTGGATAATTAGATTCAAAAAAGTCGTGTCAGGTCGCTTCTGGGAAGATCTGgtgaggaaaaattctaaatatcatgtcctgttgatagtctacagtagtcatgcaattttgatattctttttcaatattttgagccatttatgatttgagc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaaat