Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAAGATGCTAGGCCAGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgttgattatttatttattatttcatttatatattgacatgttgactgtctcaggcattatgcacattcatcataacatggatttgaatcaatt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g03790.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0005g03790.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT2G20420.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
GCAAGATGCTAGGCCAGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgttgattatttatttattatttcatttatatattgacatgttgactgtctcaggcattatgcacattcatcataacatggatttgaatcaatt
| ||||||||||| ||  | ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||| || | |   ||||| ||   |  | |  ||| | |  |   ||  | ||||     |    | ||   ||||||  |  | |   |||||       
GAAAGATGCTAGGACAAGTACTTGTCACCAAGCAAACTGGTCCTCAAGGCAAAGTAGTTAGCAAGgtttgttatctgttattcatgattggtgt--tttttcttctattattgtcactgctcttgcacctttgtttattcattgtgtcttcattttgagcag---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34545781|gb|CF514013.1|CF514013
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: gi|110397988|gb|EC964029.1|EC964029
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: gi|30305880|gb|CB982674.1|CB982674
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: gi|110733074|gb|EE108915.1|EE108915
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: gi|71858858|gb|DT007913.1|DT007913
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: gi|161716900|gb|FC064979.1|FC064979
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: gi|71857444|gb|DT006499.1|DT006499
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: gi|294967254|gb|GW840129.1|GW840129
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAACCTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGT
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGT
EST: gi|71864238|gb|DT013293.1|DT013293
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: gi|110688710|gb|EE067574.1|EE067574
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: gi|30130655|gb|CB915994.1|CB915994
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGTCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: gi|71861252|gb|DT010307.1|DT010307
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGTCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: gi|71856468|gb|DT005523.1|DT005523
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
EST: gi|37187335|gb|CF606688.1|CF606688
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGTCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAA
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAA
EST: gi|161713591|gb|FC062524.1|FC062524
EST:     AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAG                         GTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC
genomic: AGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgtt ... tattatgcagGTTTACTTGTGTGAAAAGATGTCACTTGTCAATGAGATGTACTTTGCTATC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAAGATGCTAGGCCAGATCCTTGTCACCAAACAAACTGGCCCCCAAGGCAAAGTTGTCAGCAAGgtatgatgttgattatttatttattatttcatttatatattgacatgttgactgtctcaggcattatgcacattcatcataacatggatttgaatcaatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatcaa