Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGACAGGTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgctgcagttataaaacccattttttctgtgttcttgtttataccatctcatgtggattgattttgttattaag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g02990.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0005g02990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g44930.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TTGACAGGTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgctgcagttataaaacccattttttctgtgttcttgtttataccatctcatgtggattgattttgttattaag
|||||||| ||||||||||| || || |||| ||||||||| ||||||||  || |||||    |        |  || |  |  | |||||       |||   |||  ||| |||    |    |||| |||| ||
TTGACAGGAGATATACATGAAGAAGTGGAGAATCATAACCGAATGCTGGACAGAATGgtactaatatc----ctgcaagatgctatctttct-------tgtcactactctctaatgcatttc---tttgctatttag

upper sequence: Vv07s0005g02990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA03G31790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TTGACAGGTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgctgcagttataaaacccattttttctgtgttct--tgtttataccatctcatgtggattgattttgttattaag----
||  ||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||| |  | || ||   | ||    | | ||||  | ||| |    |||  | | | |  |   || |||| |     
TTATCAGGTGATATAAATGAGGAGGTGGATAGCCATAACCGCATGCTGGATCGAATGgtgtgttttctgaaactgtagaaattacttggcattttttctgctatttctttgttctgctttagttataagatgctattgatttag

upper sequence: Vv07s0005g02990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA13G18170.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TTGACAGGTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtg-----tgctgcagttataaaacccattttttctgtgttcttgtttataccatctcatgtggattgattttgttattaag--------
||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||||||||  ||||  ||      |  |||| ||||  ||  |||||    |   ||||    |||| |   | || |   |  | | ||||  ||          
TTGTCAGGTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactgcttattgcatttattgaaaacatttgcatt---ttctctgctatatcgcattatttttttataatctgttggtattttatatag

upper sequence: Vv07s0005g02990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G04020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TTGACAGGTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtg-----tgctgcagttataaaacccattt--tttctgtgttcttgtttataccatctcatgtggattgattttgttattaag---
||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||||||||  ||||  ||      |  |||  ||||  ||   ||||   || | | | ||   | | |  || |  |    ||   ||    | |||     
TTGTCAGGTGATATAAATGAGGAAGTGGATAGTCATAACCGGATGCTGGATCGTATGgtgcgtactgtctattgcgtttattgaaaatatttgcattttctctgctatatcacattattttttaataatctgttgctattttatatag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110368599|gb|EC932587.1|EC932587
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|34549774|gb|CF518006.1|CF518006
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|30306129|gb|CB982923.1|CB982923
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|110371595|gb|EC935706.1|EC935706
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|29782805|gb|CB348441.2|CB348441
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|110708420|gb|EE085941.1|EE085941
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|110405426|gb|EC970967.1|EC970967
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|30306203|gb|CB982997.1|CB982997
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|71878443|gb|DT027498.1|DT027498
EST:     GGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|34550262|gb|CF518480.1|CF518480
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|110724887|gb|EE101110.1|EE101110
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|110378284|gb|EC943408.1|EC943408
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
EST: gi|28969494|gb|CB348527.1|CB348527
EST:     GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTG                         GGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA
genomic: GTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgc ... tgttattaagGGCAATGATATGGATGCTTCAAGGGGAATCCTATCAGGAACTATGGATCGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGACAGGTGATATACATGAGGAGGTTGAGAGTCATAACCGCATGCTGGATCGAGTGgtatgtgtgctgcagttataaaacccattttttctgtgttcttgtttataccatctcatgtggattgattttgttattaag

- - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA