Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAGAGGGCATGGAAGAGATACAACTTAAGCTTAGGTCTAGGCCTGAACAAAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttcatttcccatcttcctatatgatattagatagcttgaatcttaaaagtattactagagattagttggaaaaccataagattgcaggccaaac...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0009g03740.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0009g03740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G41460.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
CAAGAGGGCATGGAAGAGATACAACTTAAGCTTAGGTCTAGGCCTGAACAAAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttcatttcccatcttcctatatgatatt-----agatagcttgaatcttaaaagtattactagagattagttggaaaaccataagattgcaggccaaac
 | ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||| | ||||| |||  ||| |||||| | || ||   |  ||| |     |  ||   |      | | |       | |   ||| ||| |     || |  |   |    ||  
TAGGAGGGCATGGAAGAGATACAATTTGAGCTTAGGTCTTGGACTGAACAAAGTTGCTGGGAAGGTTTTCAGAATTGGACATCTTGGCCACTTGAATGAGgtaatgttgatttccaaactcccatcagcataatcatgaaactaatctatcctctcagaactcaggttgcatttatttgtagtgaaatgaagt---aatttaa--

upper sequence: Vv06s0009g03740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA18G14740.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
CAAGAGGGCATGGAAGAGATACAACTTAAGCTTAGGTCTAGGCCTGAACAAAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttcatttcccatcttcctatatgatattagatagcttgaatcttaaaagtattactagagattagttggaaaaccataagattgcaggccaaac----
 |  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||| || | ||||| |||  ||| |||||| |||  ||   |  |||| |     | |||| ||      |  |    ||  | || | | |     |   | || ||   | |     
TAGAAGGGCATGGAAGAGATACAATTTGAGCTTAGGTCTTGGACTGAACAAAGTTGCTGGGAAGGTTTTCAGAATTGGACATCTTGGCAACTTGAATGAGgtaatgttgatttccaatcacccatcagcatataat----catgaaactagtttatcctctcggaactcagattgcatttatttgtagtgaagttaagaaattt

upper sequence: Vv06s0009g03740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT2G13360.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
CAAGAGGGCATGGAAGAGATACAACTTAAGCTTAGGTCTAGGCCTGAACAAAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttcatttcccatcttcctata---tgatattagatagcttgaatcttaaaagtattactagagattagttggaaaaccataagattgcaggccaaac
 |  ||||||||| |||| |||||||||||  | ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| || || || ||  |  | ||||| |||    ||       |||||  | ||     || ||   |  |   | |||||  |  |  | || | ||     | |                        
GAGAAGGGCATGGCAGAGGTACAACTTAAGTCTTGGTCTTGGTCTCAACAAAGTGGCTGGAAAGGTTTTCAGAATTGGACACCTAGGAAATGTGAATGAGgtacatatcgagatttatcttagtgtaatccaattttcattgaccaaactcttatca--aacaatacaaatcgaacgcag-----------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27582174|gb|CB004869.1|CB004869
EST:     GCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: GCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|30325248|gb|CD008510.1|CD008510
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|33111205|gb|CF074549.1|CF074549
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|30132710|gb|CB918049.1|CB918049
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|352790608|gb|FQ475366.1|FQ475366
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GGGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|32245128|gb|CD710947.1|CD710947
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|110390894|gb|EC955836.1|EC955836
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|110389401|gb|EC954235.1|EC954235
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|77578060|gb|DV217793.1|DV217793
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|110377350|gb|EC942413.1|EC942413
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATTTCGGCCCCCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|110365216|gb|EC927849.1|EC927849
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|30136296|gb|CB921634.1|CB921634
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|110391336|gb|EC956302.1|EC956302
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|156737099|gb|EV241220.1|EV241220
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|22015487|gb|BQ800521.1|BQ800521
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|110372272|gb|EC936425.1|EC936425
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|29785242|gb|CB342053.2|CB342053
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|32245827|gb|CD711646.1|CD711646
EST:     GCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: GCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
EST: gi|28963093|gb|CB342126.1|CB342126
EST:     AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGAT                         GTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG
genomic: AAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttca ... ttttcttcagGTGCAACTGCTGGGGTGTCTTGCTGGGGTGGAGATGGTACTTAAGGATGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAGAGGGCATGGAAGAGATACAACTTAAGCTTAGGTCTAGGCCTGAACAAAGTTGCTGGAAAGGTTTTCAGAATAGGCCATCTCGGCCACCTTAATGATgtatggttcatttcccatcttcctatatgatattagatagcttgaatcttaaaagtattactagagattagttggaaaaccataagattgcaggccaaac

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaagta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggaaaa