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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCGATGAAGATCTCAGGCAGTCTTTCTCTCAGTTTGGTGAGGTTGTATCTGTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttttttatattgttaaattcccagtttgtctacctatttgtttccttttttaattaaacagagtagaatatacagtgtaaaattatggccaag...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0063g00850.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27585725|gb|CB008420.1|CB008420
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|30127264|gb|CB912603.1|CB912603
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATT
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATT
EST: gi|110358590|gb|EC922912.1|EC922912
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|46918297|gb|CN547626.1|CN547626
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110365355|gb|EC928212.1|EC928212
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|30253349|gb|CB970900.1|CB970900
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|30137628|gb|CB922966.1|CB922966
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|83277064|gb|DV941072.1|DV941072
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGNTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|34363008|gb|CF404593.1|CF404593
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCCCTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110716935|gb|EE092352.1|EE092352
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110358130|gb|EC922123.1|EC922123
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110385108|gb|EC949601.1|EC949601
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|34362110|gb|CF403695.1|CF403695
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|51050746|gb|CO818706.1|CO818706
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110385313|gb|EC949825.1|EC949825
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110702788|gb|EE079064.1|EE079064
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|30128238|gb|CB913577.1|CB913577
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110357598|gb|EC921807.1|EC921807
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110359944|gb|EC922319.1|EC922319
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110372319|gb|EC936474.1|EC936474
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110364091|gb|EC927736.1|EC927736
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|32245689|gb|CD711508.1|CD711508
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|30251719|gb|CB969452.1|CB969452
EST:     GGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGATTGTTATTGGCAA
genomic: GGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110378975|gb|EC944138.1|EC944138
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110360333|gb|EC923326.1|EC923326
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|30251796|gb|CB969529.1|CB969529
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGTTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGATTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|30135627|gb|CB920965.1|CB920965
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|30134056|gb|CB919394.1|CB919394
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGAT
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGAT
EST: gi|110699390|gb|EE076347.1|EE076347
EST:     GT-ATTACACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|22007319|gb|BQ792353.1|BQ792353
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|32246278|gb|CD712097.1|CD712097
EST:     GTAAAAATACCCGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|351022708|gb|FQ428617.1|FQ428617
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|30301155|gb|CB977949.1|CB977949
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         GAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|30129471|gb|CB914810.1|CB914810
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|161713787|gb|FC063781.1|FC063781
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|30132800|gb|CB918139.1|CB918139
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
EST: gi|110696914|gb|EE073445.1|EE073445
EST:     GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAG                         AAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA
genomic: GTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttt ... ttgtttacagAAACAGTGCCGAGGATGCACTACAGAGATTGAATGGGACTGTTATTGGCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCGATGAAGATCTCAGGCAGTCTTTCTCTCAGTTTGGTGAGGTTGTATCTGTAAAAATACCAGTTGGAAAAGGATGTGGATTTGTACAATTTGCTAACAGgtacactttttttatattgttaaattcccagtttgtctacctatttgtttccttttttaattaaacagagtagaatatacagtgtaaaattatggccaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagtagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaatta