Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGCTATGGGGGAACTGCAGCTTTATTCAACTGTGTCAACTGGGTGGAGAGTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacatctactttagactatattggactactattctgataaaaaaaaataattggactactatgacttcaaacttgctttgtttgtcttaaaaata...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g04580.t01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0025g04580.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G413253_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
ATGCTATGGGGGAACTGCAGCTTTATTCAACTGTGTCAACTGGGTGGAGAGTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatg-aacatctactttagactatattggactactattctgataaaaaaaaataattggactactatgacttca--aacttgctttgtttgtcttaaaaata---
||| ||||| |||||     | || || || ||||| |||||||| || || |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  |||| |  ||       | || || | ||     ||  ||| |  ||| ||      |||  || | |  |  || |||  ||| | | |  | |    
ATGTTATGGTGGAACAATTTCATTGTTTAATTGTGTTAACTGGGTTGAAAGCAAGTCATGGGATGGTCGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGAGgtaggtgacatgttattat-----tcttcgatttctgactcgagtaaagatgatatttat-tagctaaaacataattagtttacttgatttttttaagcacttgct

upper sequence: Vv02s0025g04580.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G32480.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
ATGCTATGGGGGAACTGCAGCTTTATTCAACTGTGTCAACTGGGTGGAGAGTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacatctactttagactatattggactactattctgataaaaaaaaataattggactactatgacttcaaacttgctttgtttgtcttaaaaata---------------
||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    ||| ||  ||| |         ||||| | | ||  | ||  | | ||  | |  |||   || |  | |  ||||| | | |||   | |               
ATGCTATGGAGGAACGGCTGCTTTGTTCAACTGTGTGAATTGGGTGGAGAGTAGCTCATGGGATGGACGTTATGGACTTGTTGTTTGTACAGACACTGCGgtatg----tctgctacagatt---------tactact-taatgcataaggaaatttcaattcttatatttttatccattttttgtct-tattagtgacacaattgtatgtttta

upper sequence: Vv02s0025g04580.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA09G27380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
ATGCTATGGGGGAACTGCAGCTTTATTCAACTGTGTCAACTGGGTGGAGAGTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacatctactttagactatattggactactattctgataaaaaaaaataattggactactatgacttcaaacttgctttgtttgtcttaaaaata---------------
||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||| |    | | ||  ||| |         ||| | | | ||  | ||||| | ||  | |  |||   || |  | |  ||||| | | |||   | |               
ATGCTATGGAGGAACAGCTGCTTTGTTCAATTGTGTGAATTGGGTGGAGAGTAGCTCATGGGATGGACGTTATGGACTTGTTGTATGTACAGACACTGCGgtacg----tttgctacagatt---------taccact-taatgcataaaaaaatttcaattcttatatttttatccattttttgtct-tattagtgacacgattgtatgtatgt

upper sequence: Vv02s0025g04580.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S180_129V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
ATGCTATGGGGGAACTGCAGCTTTATTCAACTGTGTCAACTGGGTGGAGAGTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacatctactttagactatattggactact-attctgataaaaaaaaataattggactactatgacttcaaacttgctttgtttgtcttaaaaata--
 ||||| || ||||| |||||| |    || ||| | |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||   |||| |||    ||||||| || |||||    |  |   | |  | |||||   | || ||| |  |       | | |    ||  |||    ||||   |  |||||||  ||||||    |  
CTGCTACGGAGGAACAGCAGCTCTGCAGAATTGTCTGAACTGGGTGGAGAGTAGTGCCTGGGATGGACGTTATGCCATTGTCGTTGCTGCAGACAGCGCTgtatgttatttgagcgttgcttttattgtcgtgctgatttttctgccttgtactgaagaaac--ctactttttcacggt-actttgttcctcttaattgcata

upper sequence: Vv02s0025g04580.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S154_103V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
ATGCTATGGGGGAACTGCAGCTTTATTCAACTGTGTCAACTGGGTGGAGAGTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacatctactttagactatattggacta-ctattctgataaaaaaaaataattggactactatgacttcaaacttgctttgtttgtcttaaaaata--
 |||||||| ||||| |||||||||   |||| | |||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||| | |||| ||     ||||||| || |||||  | |  |  ||  ||| |   |  | | ||  | |  |  |    |||  |||  | ||| |      ||  ||  ||  ||| ||||| ||     
TTGCTATGGAGGAACAGCAGCTTTACAGAACTCTCTCAACTGGGTGGAGAGCAGTGCTTGGGATGGACGTTATGCAATTGTCGTCGCTGCAGACAGCGCTgtatgttccttgagcttt-actttggcgttcaagctggttttgtcgagttcaatc-ttgccccactcttgaag-aattttttttcttttctcttacaatctat

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110387333|gb|EC951991.1|EC951991
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110698402|gb|EE075860.1|EE075860
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110709565|gb|EE085137.1|EE085137
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|71860473|gb|DT009528.1|DT009528
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|351015524|gb|FQ447353.1|FQ447353
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110390437|gb|EC955346.1|EC955346
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110729426|gb|EE105370.1|EE105370
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110699371|gb|EE076321.1|EE076321
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110691612|gb|EE069914.1|EE069914
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|294966823|gb|GW837842.1|GW837842
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110374042|gb|EC938533.1|EC938533
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110718761|gb|EE095962.1|EE095962
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|33401501|gb|CF207128.1|CF207128
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|34545276|gb|CF513508.1|CF513508
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|352777936|gb|FQ466989.1|FQ466989
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110699704|gb|EE076934.1|EE076934
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|30297572|gb|CB974366.1|CB974366
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110383242|gb|EC947601.1|EC947601
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|71862441|gb|DT011496.1|DT011496
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|71859989|gb|DT009044.1|DT009044
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|352785913|gb|FQ475916.1|FQ475916
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|352794809|gb|FQ475304.1|FQ475304
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110730120|gb|EE106836.1|EE106836
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110357104|gb|EC920414.1|EC920414
EST:     GTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110698626|gb|EE076340.1|EE076340
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|30255111|gb|CB971558.1|CB971558
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|71862577|gb|DT011632.1|DT011632
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110379517|gb|EC944717.1|EC944717
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|71860705|gb|DT009760.1|DT009760
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGC
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGC
EST: gi|110698484|gb|EE076038.1|EE076038
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110385868|gb|EC950425.1|EC950425
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|161719369|gb|FC064848.1|FC064848
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|27580267|gb|CB002962.1|CB002962
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|110727089|gb|EE103473.1|EE103473
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|30251422|gb|CB969155.1|CB969155
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|71864766|gb|DT013821.1|DT013821
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|71862941|gb|DT011996.1|DT011996
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTA
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTA
EST: gi|349823636|gb|FQ415046.1|FQ415046
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|71864669|gb|DT013724.1|DT013724
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTGGTTGTTTGCACAGACAGGGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|71864506|gb|DT013561.1|DT013561
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|71864508|gb|DT013563.1|DT013563
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|71857514|gb|DT006569.1|DT006569
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|30255107|gb|CB971554.1|CB971554
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTCTATGCAGAAGGACCAACTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|71864646|gb|DT013701.1|DT013701
EST:     GTAGTTCATGGGATGGGCGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
EST: gi|351020029|gb|FQ439846.1|FQ439846
EST:     GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCG                         GTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT
genomic: GTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacat ... cctttatcagGTTTATGCAGAAGGACCAGCTAGGCCTACTGGAGGAGCAGCTGCTATTGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGCTATGGGGGAACTGCAGCTTTATTCAACTGTGTCAACTGGGTGGAGAGTAGTTCATGGGATGGACGCTATGGACTTGTTGTTTGCACAGACAGTGCGgtatgaacatctactttagactatattggactactattctgataaaaaaaaataattggactactatgacttcaaacttgctttgtttgtcttaaaaata

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttaaaaa