1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GACTGATCCCCATTTACCTGAGATGCCAATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAGgtgctcaaagctttatagagctatacacacattgatttgtcctagccctttgtaggaaatttcatagtttgagctagaaagatctggaccttggatattatgatatattaaacaatcaagcttcttactaatccttatttctattttaatag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0026g01590.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACCTGAGATGCCAATCGCTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAG GATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTGEST: gi|254917156|gb|GR905982.1|GR905982
genomic: ACCTGAGATGCCAATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAGgtgctcaaag ... attttaatagGATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
EST: ATCGTTTATGCCCCTGATGCCTTCTTAAAATTGACAG GATATGCTAGGCATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTGEST: gi|110427355|gb|EC993791.1|EC993791
genomic: ATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAGgtgctcaaag ... attttaatagGATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
EST: ACCTGAGATGCCAATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAG GATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTGEST: gi|110379815|gb|EC945035.1|EC945035
genomic: ACCTGAGATGCCAATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAGgtgctcaaag ... attttaatagGATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
EST: ACCTGAGATGCCAATCGCTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAG GATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTGEST: gi|71859761|gb|DT008816.1|DT008816
genomic: ACCTGAGATGCCAATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAGgtgctcaaag ... attttaatagGATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
EST: ACCTGAGATGCCAATCGCTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAG GATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
genomic: ACCTGAGATGCCAATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAGgtgctcaaag ... attttaatagGATATGCTAGACATGAAGTGTTGGGATGCCAGTGTATGTTTTTGAGTGGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GACTGATCCCCATTTACCTGAGATGCCAATCGTTTATGCAAGTGATGCCTTCTTAAAATTGACAGgtgctcaaagctttatagagctatacacacattgatttgtcctagccctttgtaggaaatttcatagtttgagctagaaagatctggaccttggatattatgatatattaaacaatcaagcttcttactaatccttatttctattttaatag
- - - - - - - - - GAGATG