1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TATGCTTTTAATCTCTTTTCACACAATGCACCTGTTCTTCCAAATGGGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGGgtgagtttatgatcttttattccttgctcttcatatttggttaactagatacttctttgatagggtttgtttcgcagatgctggataggagccaggtcttaatttgtgtagtttatataacatgactttttgtttctatgttgtag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0011g05860.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACCAGGAAAATCTGG AATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATGEST: gi|110685945|gb|EE063110.1|EE063110
genomic: GGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGGgtgagtttat ... tatgttgtagAATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATG
EST: TANCA-TGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGAACA-GGAAA-TCTGG AATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATGEST: gi|26265064|gb|CA816127.1|CA816127
genomic: TA-CAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGA-CAAGGAAAATCTGGgtgagtttat ... tatgttgtagAATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATG
EST: GGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGG AATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATGEST: gi|34546869|gb|CF515101.1|CF515101
genomic: GGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGGgtgagtttat ... tatgttgtagAATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATG
EST: GGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGG AATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATGEST: gi|26267158|gb|CA818221.1|CA818221
genomic: GGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGGgtgagtttat ... tatgttgtagAATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATG
EST: GGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGG AATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATGEST: gi|161717637|gb|FC068527.1|FC068527
genomic: GGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGGgtgagtttat ... tatgttgtagAATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATG
EST: GGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGG AATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATGEST: gi|34546690|gb|CF514922.1|CF514922
genomic: GGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGGgtgagtttat ... tatgttgtagAATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATG
EST: GGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGG AATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATG
genomic: GGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGGgtgagtttat ... tatgttgtagAATGACATGAATGTTAAAGTGACTGCCACATGCATACGGGTCCCTGTTATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATGCTTTTAATCTCTTTTCACACAATGCACCTGTTCTTCCAAATGGGTACAATGAAGAGGAAATGAAATTAGTAAAAGAGACAAGGAAAATCTGGgtgagtttatgatcttttattccttgctcttcatatttggttaactagatacttctttgatagggtttgtttcgcagatgctggataggagccaggtcttaatttgtgtagtttatataacatgactttttgtttctatgttgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA