Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGTATCATTGCTGAGATATTGTTATCGTTAAGATTCTTCATCTATCAATATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcatttggttgtaggtcacttgatttttccttctattttttcccctgaaatgttgaagtatttaactttctcttccatgggtcacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g01270.t01
intron # 39
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110720405|gb|EE096298.1|EE096298
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110719044|gb|EE096573.1|EE096573
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110719280|gb|EE097073.1|EE097073
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110720700|gb|EE096852.1|EE096852
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GCCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110720848|gb|EE097127.1|EE097127
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110720658|gb|EE096775.1|EE096775
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110719534|gb|EE094756.1|EE094756
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110719236|gb|EE096981.1|EE096981
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110720627|gb|EE096716.1|EE096716
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAGAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110714649|gb|EE091794.1|EE091794
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110719285|gb|EE097086.1|EE097086
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110719070|gb|EE096623.1|EE096623
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110720759|gb|EE096960.1|EE096960
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGATGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110700656|gb|EE077502.1|EE077502
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110719077|gb|EE096638.1|EE096638
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|71877602|gb|DT026657.1|DT026657
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110719312|gb|EE097145.1|EE097145
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110718917|gb|EE096294.1|EE096294
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110719169|gb|EE096834.1|EE096834
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|71879777|gb|DT028832.1|DT028832
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|30299763|gb|CB976557.1|CB976557
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110725103|gb|EE101525.1|EE101525
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110719337|gb|EE097194.1|EE097194
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110719115|gb|EE096724.1|EE096724
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110720876|gb|EE097182.1|EE097182
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110720543|gb|EE096555.1|EE096555
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110725125|gb|EE101571.1|EE101571
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110720651|gb|EE096761.1|EE096761
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110718751|gb|EE095944.1|EE095944
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
EST: gi|110720554|gb|EE096580.1|EE096580
EST:     ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTG                         GTCTATGGCAAATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG
genomic: ATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcattt ... tgggtcacagGTCTATGGCATATCATGGCTGGTGATCTGTATAATATTGTTTGTGATGAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGTATCATTGCTGAGATATTGTTATCGTTAAGATTCTTCATCTATCAATATGGGCTTGTTTATCACCTGAACCTCACAAAGAATACCAAAAGTTTTCTGgtatgcatttggttgtaggtcacttgatttttccttctattttttcccctgaaatgttgaagtatttaactttctcttccatgggtcacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA