Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGCTGTCGTTGATTGATGAGATTGGATGGGCCCATTTGGCATCGTACGAGAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAGgttcgctctacttcacaacatcatgttctttcttcaattgtcgattacttttagcaactgttttccgaagtactttatcattgtctttttcctcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0050g00490.t01
intron # 34
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351044162|gb|FQ452835.1|FQ452835
EST:     GAGACAATGGATGCTCGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAG                         ATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATANGAGAGTGCAGCTGCAG
genomic: GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAGgttcgctcta ... ttttcctcagATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGAGTGCAGCTGCAG
EST: gi|110363895|gb|EC927525.1|EC927525
EST:     GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAG                         ATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGGGTGCAGCTGCAGCACAGGAAGA
genomic: GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAGgttcgctcta ... ttttcctcagATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGAGTGCAGCTGCAGCACAGGAAGA
EST: gi|110358499|gb|EC922755.1|EC922755
EST:     GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAG                         ATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGGGTGCAGCTGCAGCACAGGAAGA
genomic: GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAGgttcgctcta ... ttttcctcagATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGAGTGCAGCTGCAGCACAGGAAGA
EST: gi|110360244|gb|EC923096.1|EC923096
EST:     GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAG                         ATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGGGTGCAGCTGCAGCACAGGAAGA
genomic: GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAGgttcgctcta ... ttttcctcagATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGAGTGCAGCTGCAGCACAGGAAGA
EST: gi|34363622|gb|CF405207.1|CF405207
EST:     GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAG                         ATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGGGTGCAGCTGCAGCACAGGAAGA
genomic: GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAGgttcgctcta ... ttttcctcagATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGAGTGCAGCTGCAGCACAGGAAGA
EST: gi|349807376|gb|FQ401368.1|FQ401368
EST:     GAGACAATGGATGCTCGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAG                         ATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGAGTGCAGCTGCAGCACA
genomic: GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAGgttcgctcta ... ttttcctcagATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGAGTGCAGCTGCAGCACA
EST: gi|110359847|gb|EC922069.1|EC922069
EST:     GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAG                         ATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGGGTGCAGCTGCAGCACAGGAAGA
genomic: GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAGgttcgctcta ... ttttcctcagATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGAGTGCAGCTGCAGCACAGGAAGA
EST: gi|110419295|gb|EC985512.1|EC985512
EST:     GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAG                         ATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGGGTGCAGCTGCAGCACAGGAAGA
genomic: GAGACAATGGATGCTTGTGCGATTCCCACCTAGCTTGCCCCTTTTTTAAGgttcgctcta ... ttttcctcagATGTCTGAAACTAAGGCTGGAATAGGAGAGTGCAGCTGCAGCACAGGAAGA