Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGAGTTCAATGCCAGAAAGCCAGATGAAATTAATGTCTTTACTGGAGTGACTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAGgtgagaagtccttgtttgtcttttcaaggctttcttgttttttatatgcttggtacttaacattgccagttctaattttcttttgtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0018g02130.t01
intron # 32
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110357641|gb|EC921275.1|EC921275
EST:     CTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAG                         ATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
genomic: CTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAGgtgagaagtc ... tcttttgtagATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
EST: gi|110357398|gb|EC920911.1|EC920911
EST:     CTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAG                         ATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
genomic: CTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAGgtgagaagtc ... tcttttgtagATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
EST: gi|110418515|gb|EC984675.1|EC984675
EST:     AAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAG                         ATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
genomic: AAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAGgtgagaagtc ... tcttttgtagATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
EST: gi|110392228|gb|EC957499.1|EC957499
EST:     CTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAG                         ATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
genomic: CTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAGgtgagaagtc ... tcttttgtagATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
EST: gi|110364160|gb|EC923438.1|EC923438
EST:     CTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAG                         ATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
genomic: CTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAGgtgagaagtc ... tcttttgtagATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
EST: gi|110379425|gb|EC944618.1|EC944618
EST:     CTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAG                         ATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
genomic: CTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAGgtgagaagtc ... tcttttgtagATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
EST: gi|110358395|gb|EC922574.1|EC922574
EST:     CTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAG                         ATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT
genomic: CTAAAAATTACCTATTTATGGGGATCATTGGAATCACCTTTGCGCTTCAGgtgagaagtc ... tcttttgtagATTATCATCATTGAGTTTCTTGGAAAGTTTACATCAACAGTTAAACTCAGT