Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGGCTCTCTGTTGTTGACAGCTACAAGTTGCTGCAAGGCAGGCAACTGACTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaacagaatacctcccctgtattttgttaaggctgaagctttttctcaggtccataatcataccagtgtatcgcttttgttgcatgacaatttatgccttcttttctatgccacttgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0015g01010.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161718315|gb|FC067264.1|FC067264
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|161707433|gb|FC057709.1|FC057709
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|110702878|gb|EE079232.1|EE079232
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|110396453|gb|EC962139.1|EC962139
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|22013972|gb|BQ799006.1|BQ799006
EST:     GCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: GCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|110729204|gb|EE105291.1|EE105291
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|71877000|gb|DT026055.1|DT026055
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|30256278|gb|CB972121.1|CB972121
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|46917987|gb|CN547316.1|CN547316
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|71860763|gb|DT009818.1|DT009818
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|110698392|gb|EE075834.1|EE075834
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|77579770|gb|DV218763.1|DV218763
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|110375001|gb|EC939952.1|EC939952
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|161709928|gb|FC060567.1|FC060567
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|71855535|gb|DT004590.1|DT004590
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|37189469|gb|CF608818.1|CF608818
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|110687343|gb|EE064671.1|EE064671
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
EST: gi|71855094|gb|DT004149.1|DT004149
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCC
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCC
EST: gi|46917875|gb|CN547204.1|CN547204
EST:     CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGG                         CTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA
genomic: CTGATGACGAAGTTTTTCTTGCATGTGTCCTGGGTTGGTGCATTGAATGGgtaggcaaca ... ccacttgcagCTTCAAGCATATTTCCTTGTGCTTGATGATATTATGGATAACTCGCATACA