Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGCTCGAAGATATAGGCATGGTGCTCACACCGAGTACATAATATCACTTGATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatttcttttaggaaatgttaaggtaagtcatttcttttaggaaatgctaaggtaaggaattttcaatgtggtgcttctgcttctgaaattatt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0014g01250.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0014g01250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g48370.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
CTGCTCGAAGATATAGGCATGGTGCTCACACCGAGTACATAATATCACTTGATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatttcttttaggaaatgttaaggtaagtcatttcttttaggaaatgctaaggtaaggaattttcaatg-tggtgcttctgcttctgaaat-tatt-
||||| |||| | ||| | |||| | || |||||||||||  |||| ||||||||||||||| | || |||||||| ||||| ||  | || ||  | |||| ||    | | |    | |  ||| |      | | |  || | | | || ||    |      |  | | || |      |  | | | | ||| |||| 
CTGCTAGAAGGTTTAGACGTGGTCCCCATACCGAGTACATCGTATCCCTTGATGCTGATGACCTTTCACAAGGAAGCAATGCATACATGGGGAAACTGAGgtgaggttctacatggctgcatagttcactc---ttaatcattcttgcatattctgttattcatcctgcttagtgctaacaaattggttgcagtaatatattt

upper sequence: Vv19s0014g01250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G068586_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
CTGCTCGAAGATATAGGCATGGTGCTCACACCGAGTACATAATATCACTTGATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatttcttttaggaaatgttaaggtaagtcatttcttttaggaaatgctaaggtaaggaattttcaatgtggtgcttctgcttctgaaattatt--
||||| |||||| ||||| |||| | || ||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||| ||||| || ||||| ||  | || ||  | |||| ||      | |      |  |||    | |  | | |    |     ||||| | | |  |  |  | || |||  |  |   ||  ||  ||||    
CTGCTAGAAGATTTAGGCGTGGTCCCCATACCGAGTACATTATATCTCTTGATGCAGAAGACTTATCACAAGGGAGCAATGCATACATGGGGAAACTGAGgtgaggttcaacatgattccagagttctcctgaaccttcttggattacctatgcttatgaattggttgctgaaagtgacgtgtt--ctggtgtgattaggtg

upper sequence: Vv19s0014g01250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA13G34470.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
CTGCTCGAAGATATAGGCATGGTGCTCACACCGAGTACATAATATCACTTGATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatttcttttaggaaatgttaaggtaagtcatttcttttaggaaatgctaaggtaagga-attttcaatgtggtgcttctgcttctgaaattatt--
| ||| | |||||||||  |||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  | ||  |   |  |||    |||  ||   || | |||      ||| | |||||  || |||||   | |||||   |      |  |   ||   
CAGCTAGGAGATATAGGTGTGGTACTCATACCGAGTATATAATTTCACTTGATGCTGATGATTTATCCCAAGGAAGCAATGCTTATGTTGGAAAGCTAAGgtaaagctttcttgccataaaaatagaagaaaaaaaatctgttt---attatggtgaggtatagacattttttttttggtgaaacatgaggtatagacatcta

upper sequence: Vv19s0014g01250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA12G35920.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
CTGCTCGAAGATATAGGCATGGTGCTCACACCGAGTACATAATATCACTTGATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatttcttttaggaaatgttaaggtaagtcatttcttttaggaaatgctaaggtaaggaattttcaatgtggtgcttctgcttctgaaattatt--
| ||| | |||||||||  |||| | || || ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||     | ||   ||   || || |   | |   ||  |    |  |   | ||||  ||  |  |||   |  ||      || ||  
CAGCTAGGAGATATAGGTGTGGTACCCATACTGAGTATATAATTTCACTTGATGCTGATGACTTATCCCAAGGAAGCAATGCTTATGTTGGAAAGCTAAGgtaaagc-tttcttcccatagatagaaaaaaaattc-tgcttatggtgaggtatagacatctagtatttgtaagataatgccattatttgcccctttttttc

upper sequence: Vv19s0014g01250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT1G53320.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
CTGCTCGAAGATATAGGCATGGTGCTCACACCGAGTACATAATATCACTTGATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaa-gtcatttcttttaggaaatgttaaggtaagtcatttcttttaggaaatgctaaggtaagga----attttcaatgtggtgcttctgcttctgaaattatt-----------------------------------------------------------------------
| || || || | ||||   |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||  |  || |   |||   ||| |    |   |  |           ||   |||| | | |      || |   | ||  |   | || ||      || ||                                                                       
CGGCGCGGAGGTTTAGGACCGGTGCTTACACTGAGTACATCATATCACTTGATGCTGATGATTTCTCTCAAGGAAGTAATGCCTACGTCGGAAAATTAAGgtattgatatgtgcattactgaatatcctaggcggctaggcggccatttaatctctaaagcaggattgctatctcagaagttttaaatttgttttaaggtttgtttttttttgcttagaagatgagtgtggcttgaaaactaagggttcatggtttttttttggaaacttcaacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351055037|gb|FQ440376.1|FQ440376
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|351032270|gb|FQ461523.1|FQ461523
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|22014710|gb|BQ799744.1|BQ799744
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|71872640|gb|DT021695.1|DT021695
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|351056453|gb|FQ454314.1|FQ454314
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|352798883|gb|FQ480732.1|FQ480732
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|161713648|gb|FC062550.1|FC062550
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|110380996|gb|EC946303.1|EC946303
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTGGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|110374749|gb|EC939676.1|EC939676
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|110407177|gb|EC972774.1|EC972774
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|110708836|gb|EE086829.1|EE086829
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAA                         GTCGGATTTCCTTGGAACCA-CTTCGCAATTTATGACAGCC-GCCCCCTCA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|352790032|gb|FQ479642.1|FQ479642
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCCACTTCGCAATTTATGACAGCCCAGCCCC-AC
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCC-AGCCCCCAC
EST: gi|22013745|gb|BQ798779.1|BQ798779
EST:     GATGCTGATGAC-TATCTCAAGGAAGTAATGCTTATG-TGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCNCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|349817991|gb|FQ407980.1|FQ407980
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|349832891|gb|FQ423013.1|FQ423013
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|110702428|gb|EE081128.1|EE081128
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|77584477|gb|DV221307.1|DV221307
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|351022168|gb|FQ438753.1|FQ438753
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|351032812|gb|FQ461701.1|FQ461701
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|161718362|gb|FC066304.1|FC066304
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTA-G                         GTCGGATTTCCTTGGAACCA-CTTCG
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCG
EST: gi|351053975|gb|FQ441741.1|FQ441741
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|351051579|gb|FQ450131.1|FQ450131
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|349811397|gb|FQ407623.1|FQ407623
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|351029875|gb|FQ427715.1|FQ427715
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|110730771|gb|EE108231.1|EE108231
EST:     GATGCTGATGACATATCCCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GGCGGATTTCCTGGGAACCCACTTCGCA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCA
EST: gi|30251916|gb|CB969649.1|CB969649
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAGATCN-CTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCAC
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGA-ACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCAC
EST: gi|161718790|gb|FC067326.1|FC067326
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGTAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGT-AAG                         GTCGGATTTCCTTGGGAC-AACTTTCGCA-TT-ATGACAGC-AGCCCC-AC
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTT-CGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCAC
EST: gi|349807495|gb|FQ401488.1|FQ401488
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|110365458|gb|EC928480.1|EC928480
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|22014734|gb|BQ799768.1|BQ799768
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATG-TGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|349817493|gb|FQ407283.1|FQ407283
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|110714004|gb|EE090419.1|EE090419
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCNGATTTTCCT-GGAAACAACTTCGCAATTTATGACGGCCAGCCCCCAA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTT-CCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCAC
EST: gi|351054882|gb|FQ440221.1|FQ440221
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|71889067|gb|DT038122.1|DT038122
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|110424756|gb|EC991127.1|EC991127
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|161721414|gb|FC070778.1|FC070778
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTTAG                         GTCGGATTTCCTTG
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTG
EST: gi|110420124|gb|EC986386.1|EC986386
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|294966769|gb|GW837788.1|GW837788
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|352786855|gb|FQ481230.1|FQ481230
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|71871589|gb|DT020644.1|DT020644
EST:     GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: gi|110379370|gb|EC944558.1|EC944558
EST:     ATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG                         GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: ATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGCTCGAAGATATAGGCATGGTGCTCACACCGAGTACATAATATCACTTGATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatttcttttaggaaatgttaaggtaagtcatttcttttaggaaatgctaaggtaaggaattttcaatgtggtgcttctgcttctgaaattatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aggaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaggtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaggaat