1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
CTGCTCGAAGATATAGGCATGGTGCTCACACCGAGTACATAATATCACTTGATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatttcttttaggaaatgttaaggtaagtcatttcttttaggaaatgctaaggtaaggaattttcaatgtggtgcttctgcttctgaaattatt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0014g01250.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|351032270|gb|FQ461523.1|FQ461523
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|22014710|gb|BQ799744.1|BQ799744
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|71872640|gb|DT021695.1|DT021695
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|351056453|gb|FQ454314.1|FQ454314
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|352798883|gb|FQ480732.1|FQ480732
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|161713648|gb|FC062550.1|FC062550
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|110380996|gb|EC946303.1|EC946303
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTGGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|110374749|gb|EC939676.1|EC939676
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|110407177|gb|EC972774.1|EC972774
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|110708836|gb|EE086829.1|EE086829
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAA GTCGGATTTCCTTGGAACCA-CTTCGCAATTTATGACAGCC-GCCCCCTCAEST: gi|352790032|gb|FQ479642.1|FQ479642
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCCACTTCGCAATTTATGACAGCCCAGCCCC-ACEST: gi|22013745|gb|BQ798779.1|BQ798779
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCC-AGCCCCCAC
EST: GATGCTGATGAC-TATCTCAAGGAAGTAATGCTTATG-TGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCNCCACAEST: gi|349817991|gb|FQ407980.1|FQ407980
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|349832891|gb|FQ423013.1|FQ423013
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|110702428|gb|EE081128.1|EE081128
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|77584477|gb|DV221307.1|DV221307
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|351022168|gb|FQ438753.1|FQ438753
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|351032812|gb|FQ461701.1|FQ461701
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|161718362|gb|FC066304.1|FC066304
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTA-G GTCGGATTTCCTTGGAACCA-CTTCGEST: gi|351053975|gb|FQ441741.1|FQ441741
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCG
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|351051579|gb|FQ450131.1|FQ450131
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|349811397|gb|FQ407623.1|FQ407623
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|351029875|gb|FQ427715.1|FQ427715
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|110730771|gb|EE108231.1|EE108231
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCCCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GGCGGATTTCCTGGGAACCCACTTCGCAEST: gi|30251916|gb|CB969649.1|CB969649
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAGATCN-CTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACEST: gi|161718790|gb|FC067326.1|FC067326
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGA-ACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCAC
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGTAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGT-AAG GTCGGATTTCCTTGGGAC-AACTTTCGCA-TT-ATGACAGC-AGCCCC-ACEST: gi|349807495|gb|FQ401488.1|FQ401488
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTT-CGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCAC
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|110365458|gb|EC928480.1|EC928480
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|22014734|gb|BQ799768.1|BQ799768
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATG-TGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|349817493|gb|FQ407283.1|FQ407283
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|110714004|gb|EE090419.1|EE090419
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCNGATTTTCCT-GGAAACAACTTCGCAATTTATGACGGCCAGCCCCCAAEST: gi|351054882|gb|FQ440221.1|FQ440221
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTT-CCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCAC
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|71889067|gb|DT038122.1|DT038122
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|110424756|gb|EC991127.1|EC991127
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|161721414|gb|FC070778.1|FC070778
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTTAG GTCGGATTTCCTTGEST: gi|110420124|gb|EC986386.1|EC986386
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTG
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|294966769|gb|GW837788.1|GW837788
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|352786855|gb|FQ481230.1|FQ481230
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|71871589|gb|DT020644.1|DT020644
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACAEST: gi|110379370|gb|EC944558.1|EC944558
genomic: GATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
EST: ATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAG GTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
genomic: ATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatt ... acctgtgcagGTCGGATTTCCTTGGAACCAACTTCGCAATTTATGACAGCCAGCCCCCACA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTGCTCGAAGATATAGGCATGGTGCTCACACCGAGTACATAATATCACTTGATGCTGATGACATATCTCAAGGAAGTAATGCTTATGTTGGAAAGTTAAGgtaagtcatttcttttaggaaatgttaaggtaagtcatttcttttaggaaatgctaaggtaaggaattttcaatgtggtgcttctgcttctgaaattatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aggaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaggtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaggaat