Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtattttatgtttaacactttccccaatgtggttgggctcttttcttctccttgagtggagtatcttttcctcattcttgaatcaataatggaa...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g05990.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g51290.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtattttatgtttaacactttccccaatgtggttgggctcttttcttctccttgagtggagtatcttttcctcattcttgaatcaataatggaa-------
| || || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||| || || |||||||| ||| || || ||||||||||| || | || ||| || || | || ||| || | ||||| ||| | | | || | ||| || ||| |
AAACAAAATCTGCTGTAGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTGTTGTACTCGTTTATCACTCTATTTGAGCTCACTTTTTCTCCGGTACTTGAATGgtaaaggt------tcttccacagcttgggggat-tattttcataatttatttgttcttgattggtgcctttagtctagtgtgttgcattctgaatcttactacttc

upper sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os06g12220.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaat---cgtattttatgtttaacactttccccaatgtggttgggctcttttcttctccttgagtgg--agtatcttttcctcattcttgaatcaataatggaa
| || || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| || | ||||| | || ||||| || |||||| ||| ||||||||||||| | | || | | | | || | | || ||| |||| | | || || | || | | | || | | ||
AAACAAAATCTCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACTTACTGGGTGCTGTACTCGTTTATCACTTTGTTTGAGCTTACTTTTGCTCCAGTAATTGAATGgtaatgaccattttcctgggtcaggagatttttt--ttttgtcttactcatttccttttgtttagcatttgatttccctcaaaaagttcagatttagcaaca---

upper sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G130548_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtattttatgtttaacactttccccaatgtggttgggctcttttcttctccttgagtggag--tatcttt-tcctcattcttgaatcaataatggaa
| || || || |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| || | ||||| || |||||||||||||||||| || | ||||||||| | | || | ||| || | | | ||| | |||| || | | | |||| || | | |
AAACAAAATCTGCTGTGGATGATCAGCAATGGCTCACGTACTGGGTGCTGTACTCATTTATCACTCTATTCGAGCTCACCTTTGCTCCGGTACTCGAATGgtaaa-acaacaaactttcagcacaagtgggcatttcaccagctttagttccatgtgcagtttggaacttaccataatggtcatatgtggtatatttttta--

upper sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G862101_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaa-tcgtatttt-----atgttt-aacactttccccaatgtggt---tgggctcttttcttctccttgagtggagtatcttttcctcattcttgaatcaataatggaa--------------------------------------------------------
|||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || | |||| | || ||||| || |||||| | | || || |||||| | || |||| || ||| | |||| || | |||| | ||| | ||| | ||| | | | | | |
AGACAAAAAATCCTGTAGATGATCAGCAGTGGCTCACTTACTGGGTGTTGTACTCATTTGTCACTTTGTTTGAGCTAACTTTTGCTCCAATTATCGAGTGgtaaattacggttctggtcatgtcccaatgtgttcatttttatggtttttgtggcctttgtgattatttgcaaacattattggtggtgcatggatatagctgtgtttggtgcatcaagttggtgaaaaggaaactagatatgctcactttagatctttatttgcag

upper sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G047860_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtattttatgtttaacactttccccaatgtggttgggctcttttcttctccttgagtggagtatcttttcctcattcttgaatcaataatggaa-------------------------------------------------------------------------------
|||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || | ||||| | || ||||| || |||||| | | || || |||||| || || | | | ||||||||| | |||| | || ||| |||| | | | | ||| | ||| || || |||
AGACAAAAAATCCTGTAGATGATCAGCAGTGGCTCACTTACTGGGTGTTGTACTCGTTTATCACTTTGTTTGAGCTAACTTTTGCTCCAATTATCGAGTGgtaaataacacttgtggtca-----tgtcccaatgtgttcaa----ttttatgttctttgggtgggct---tcgtgattatt-tggaaacattactggtggtacatggatatagctgtttagtgcaacaagttggtgaatagaaaactaaatatgcttactttagatctttgtttgcag

upper sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA17G10730.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgta--atcgtattttatgtttaacactttccccaatgtggttgg--gctcttttcttctccttgagtggagtatcttttcctcattcttgaatcaataatggaa
||| |||||| || ||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || || ||||||||||||| || || |||||||||| |||| |||||||||| | | |||| | || || ||| |||| | | | | ||| || | || || | | | | ||||| | | |||
AGAGCAAGTCTCCCATTGATGATCAGCAGTGGCTCACTTACTGGGTTCTCTACTCCTTGATCACACTCTTTGAACTTACCTTTGCTAGAGTCCTTGAATGgtattaacccttttttttcttcttgtttatgttaattgttttggaaggttgtgagtactcattaaatgccataa-taaacttgagacttgag--atttttggg-

upper sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA06G20570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat-tttatgtttaacactttccccaatgtggttgggctcttttcttctccttgagtggagtatctttt--cctcattcttgaatcaataatggaa--
||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | ||||| ||||||| ||||| || || || ||||| ||||| |||||||||||| | |||| || | |||| | ||||| || | | | | | ||| |||| | | | || || ||
AGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCAATGGCTCACTTATTGGGTTCTCTATTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTCTTGAATGgtaattttgcctttacagttgaatctttt-----tatggtttttcttgtgtgatttacctgatccgagtgatcaataaatttgatgagaaaccagcgattttgac

upper sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA04G33880.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat-tttatgtttaacactttccccaatgtggttgggctcttttcttctccttgagtggagtatct--tttcctcattcttgaatcaataatggaa--
||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | || || ||||||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||||||||||| | |||| || | || | | |||| || | | | | | ||| | |||| | | | | || | ||
AGAGCAAGTCTCCTGTTGATGACCAGCAATGGCTCACTTATTGGGTTCTCTACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCCAAAGTTATTGAATGgtaattttgcctttacccttgaatctctt-----tatggtctttcttgtgtgatttacctgatttgagtgctcaatatatttgatgagaaacctgcgattttgac

upper sequence: Vv17s0000g05990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA05G01160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtattttatgt---ttaacactttccccaatgtggttgggctcttttcttctccttgagtggagtatcttttcctcattctt-gaatcaataatggaa
||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || || ||||||| ||||| || || || |||||||||||| |||| ||||| | | |||| | | || | || | | ||| | | | |||| | | | | || || | | | |
AGAGCAAGTCTCCTATTGATGATCAGCAGTGGCTCACTTACTGGGTTCTCTACTCCTTGATCACCCTCTTTGAACTTACTTTTGCTAAAGTCCTTGAGTGgtatgcattttttgtatatctttttatgttgtttatgttaattgatttgcaagaatagtactcagtgataaacgtgacgataaacctcagagttgagatt----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34544790|gb|CF513022.1|CF513022
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|351016143|gb|FQ435463.1|FQ435463
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|349825153|gb|FQ415700.1|FQ415700
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|32458365|gb|CD799539.1|CD799539
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|83275253|gb|DV938404.1|DV938404
EST:     AAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: AAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|110696739|gb|EE073118.1|EE073118
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|349824511|gb|FQ413178.1|FQ413178
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|110696491|gb|EE072653.1|EE072653
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|71875506|gb|DT024561.1|DT024561
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACTTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|83277540|gb|DV941548.1|DV941548
EST:     AAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: AAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|349825152|gb|FQ415699.1|FQ415699
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|351020210|gb|FQ445817.1|FQ445817
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|351018684|gb|FQ424791.1|FQ424791
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|110424630|gb|EC990997.1|EC990997
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|349829195|gb|FQ419727.1|FQ419727
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|294966237|gb|GW839460.1|GW839460
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|34549707|gb|CF517939.1|CF517939
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|110412973|gb|EC978742.1|EC978742
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|349817530|gb|FQ407320.1|FQ407320
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|110702147|gb|EE080527.1|EE080527
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
EST: gi|349833130|gb|FQ416508.1|FQ416508
EST:     TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCACACCTTTGCTAAAGTCATTGAATG                         GCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT
genomic: TATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtat ... tgtgtggcagGCTCCCTTTTTGGCCATATGCAAAGCTGATTGCAACTTGCTGGTTGGTCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGACCAAGTCCCCTGTTGATGATCAGCAATGGCTCACATACTGGGTTTTGTATTCTATGATCACACTCTTCGAGCTCACCTTTGCTAAAGTCATTGAATGgtaatcgtattttatgtttaacactttccccaatgtggttgggctcttttcttctccttgagtggagtatcttttcctcattcttgaatcaataatggaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctttccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttctcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatcaa