1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
GGAAACTTGTGTGAGGGACAAAGCGGTGGAGTCGTTATGCAGGATTGGAGCTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgattgattgattgatttattttgttttgttgtttgatctcggtttctttgttgtggctcttgtggaatacaagtgatataatgtagtatgctt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv17s0000g03870.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|110723764|gb|EE101450.1|EE101450
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|71858238|gb|DT007293.1|DT007293
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGTCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGGTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGAEST: gi|352781471|gb|FQ468315.1|FQ468315
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|352769561|gb|FQ468489.1|FQ468489
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|22010752|gb|BQ795786.1|BQ795786
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|110698010|gb|EE075532.1|EE075532
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|71883706|gb|DT032761.1|DT032761
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCACATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|352778272|gb|FQ465582.1|FQ465582
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|352763901|gb|FQ465351.1|FQ465351
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|37189319|gb|CF608668.1|CF608668
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAAGCCTTCATTCCATTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGAEST: gi|352787201|gb|FQ477821.1|FQ477821
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|352776769|gb|FQ472656.1|FQ472656
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|352773443|gb|FQ472225.1|FQ472225
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|352777593|gb|FQ466646.1|FQ466646
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCTAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTEST: gi|352768313|gb|FQ469488.1|FQ469488
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGC-GAGTGGTTTACTGCTCGAGTT
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|156738161|gb|EV242282.1|EV242282
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|110696169|gb|EE075018.1|EE075018
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|30302057|gb|CB978851.1|CB978851
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|352769371|gb|FQ471520.1|FQ471520
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|22010753|gb|BQ795787.1|BQ795787
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTAEST: gi|352772524|gb|FQ471999.1|FQ471999
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
EST: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAG AGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
genomic: CTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgat ... caacattcagAGATTGGCTGCTGGCGAGTGGTTTACTGCTCGAGTTTCCTCATGTGGATTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGAAACTTGTGTGAGGGACAAAGCGGTGGAGTCGTTATGCAGGATTGGAGCTCAAATGAGGGAGCCAGATTTGGTGGAATCCTTCATTCCTTTGGTGAAGgtcagatgattgattgattgatttattttgttttgttgtttgatctcggtttctttgttgtggctcttgtggaatacaagtgatataatgtagtatgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaataca