Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTATGATGTAACTCCGTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatcatatatcacctctagccaatctcacaccctgttgtctaccaaaccgattagtgcccctacacacaaagtgactgaattttcttctgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0098g01230.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0098g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G074169_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GTGTATGATGTAACTCCGTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatcatatatcacctctagc-caatctcacaccctgttgtctaccaaaccgattagtgcccctacacacaaagtgactgaattttcttctgcag
||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||| | | ||||||||||    |||| |||   | ||   ||   |  || |||  ||  ||   | | |||   | | | |  |   ||   |                   
GTGTATGATGTCACTCCTTTTATGGATGAGCATCCTGGTGGAGATGAGGTTTTGCTAGCTGTAACTGgtaagc---catacatcgattgtacttcacgtttgcagcct--tga-tattgagctgatctctactcttgaatgtaaccag-------------------

upper sequence: Vv16s0098g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA04G41010.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GTGTATGATGTAACTCCGTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagtt---atcatatatcacctctagccaatctcacaccctgttgtctaccaaaccgattagtgcccctacacacaaagtgactgaattttcttctgcag
||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||| |||| | |   ||||| |      | |    |||   |   |     |    ||| |  |||   ||  | | | |      | || |               
GTGTATGATGTCACCCCTTTCATGGAGGATCATCCCGGAGGTGATGAGGTTTTGTTATCTGCAACAGgtatgcttatatcatctgaagattattattaataaaaacactaaagggtagccatattgatatttgatcatgctctgtggattacag---------------

upper sequence: Vv16s0098g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA06G13840.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GTGTATGATGTAACTCCGTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatcatatatcacctctagccaatctcacaccctgttgtctaccaaaccgatta-gtgcccctacacacaaagtgactgaattttctt--ctgcag
||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||| |||| |||    ||||||| ||  ||   ||         | || |  |  ||| | |  | | |   | | |   | | ||| |    | | |    |||||
GTGTATGATGTCACCCCTTTCATGGAGGATCATCCCGGAGGTGATGAGGTTTTGTTATCTGCAACAGgtatgtt----tatatcatctgaagattat---------tattattaataaaagcaacaaagggtagccatattgatattgattatgctctgtggattgcag

upper sequence: Vv16s0098g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA06G13840.4 (Glycine max), 5'ss of exon 1
---------------------------------GTGTATGATGTAACTCCGTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatcatatatcacctctagccaatctcacaccctgttgtctaccaaaccgatta-gtgcccctacacacaaagtgactgaattttctt--ctgcag
                                 ||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||| |||| |||    ||||||| ||  ||   ||         | || |  |  ||| | |  | | |   | | |   | | ||| |    | | |    |||||
ACTGAACAAAGTTGTGTGCTTCAACAATATTAGGTGTATGATGTCACCCCTTTCATGGAGGATCATCCCGGAGGTGATGAGGTTTTGTTATCTGCAACAGgtatgtt----tatatcatctgaagattat---------tattattaataaaagcaacaaagggtagccatattgatattgattatgctctgtggattgcag

upper sequence: Vv16s0098g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT5G53560.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GTGTATGATGTAACTCCGTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatcatatatcacctctagccaatctcacaccctgttgtctaccaaaccgattagtgcccctacacacaaagtgactgaattttcttctgcag
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||  |||| ||||   ||  |  | |    |||  |  ||   |  |    |||   | |    || | | ||   ||   |   | |||       |||  | |||||
GTGTATGATGTGACTCCATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGgta---taaaacttgt-gtttctctctgattcaaggcggatttga--agcggctcggtgactgtttctgttc-tgatgtggtg----ttttgtttgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87586546|gb|DY474780.1|DY474780
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110358753|gb|EC923202.1|EC923202
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|29782440|gb|CB347747.2|CB347747
EST:     GTTCATGGATGATCGTCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|77587975|gb|DV223193.1|DV223193
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110717957|gb|EE094270.1|EE094270
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|71870722|gb|DT019777.1|DT019777
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|26262549|gb|CA813612.1|CA813612
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110689966|gb|EE066652.1|EE066652
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110367767|gb|EC931718.1|EC931718
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|30130798|gb|CB916137.1|CB916137
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|71881461|gb|DT030516.1|DT030516
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|32267439|gb|CD716402.1|CD716402
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|27586308|gb|CB009003.1|CB009003
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110425614|gb|EC992003.1|EC992003
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|30124888|gb|CB910227.1|CB910227
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|26257451|gb|CA808514.1|CA808514
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110386300|gb|EC950883.1|EC950883
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|77584695|gb|DV221422.1|DV221422
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110389944|gb|EC954819.1|EC954819
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110399179|gb|EC965672.1|EC965672
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|71877757|gb|DT026812.1|DT026812
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|37185114|gb|CF604467.1|CF604467
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110399826|gb|EC966356.1|EC966356
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|26267103|gb|CA818166.1|CA818166
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAA-TGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|26258230|gb|CA809293.1|CA809293
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110423485|gb|EC989831.1|EC989831
EST:     GTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|83276424|gb|DV940432.1|DV940432
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|18458899|gb|BM437177.1|BM437177
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|71877853|gb|DT026908.1|DT026908
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|71866886|gb|DT015941.1|DT015941
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110414524|gb|EC980358.1|EC980358
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|27583746|gb|CB006441.1|CB006441
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|71878990|gb|DT028045.1|DT028045
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|30301030|gb|CB977824.1|CB977824
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110363128|gb|EC926699.1|EC926699
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTCGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|32460944|gb|CD802118.1|CD802118
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|77586272|gb|DV222235.1|DV222235
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110387623|gb|EC952306.1|EC952306
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|30130934|gb|CB916273.1|CB916273
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110392196|gb|EC957443.1|EC957443
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110383452|gb|EC947825.1|EC947825
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110406623|gb|EC972203.1|EC972203
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110407677|gb|EC973287.1|EC973287
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110721176|gb|EE097878.1|EE097878
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|51051681|gb|CO819178.1|CO819178
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|71880427|gb|DT029482.1|DT029482
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|32245206|gb|CD711025.1|CD711025
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|30130828|gb|CB916167.1|CB916167
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|32265178|gb|CD716767.1|CD716767
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|30129473|gb|CB914812.1|CB914812
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110387093|gb|EC951736.1|EC951736
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTCTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|110716510|gb|EE091556.1|EE091556
EST:     ATTCATGGATGATCATCCTGGAGGCGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGACGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
EST: gi|18458694|gb|BM436972.1|BM436972
EST:     GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTG                         GGAAGGATGCAACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA
genomic: GTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatc ... tcttctgcagGGAAGGATGCGACAAATGATTTTGAAGATGTAGGCCACAGTGATGCAGCCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGTATGATGTAACTCCGTTCATGGATGATCATCCTGGAGGTGATGAAGTTTTGCTATCAGCAACTGgtaagttatcatatatcacctctagccaatctcacaccctgttgtctaccaaaccgattagtgcccctacacacaaagtgactgaattttcttctgcag

- - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG