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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTACCTGAATCTCCCATCAGAGATTGTGCCTGCCACCTTGAAGAAGTCTGTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctatatctctatcattttttttctatgttgggttcttagatttttttcacttggcatattgattaatgtgttaaattgtcttgagcttttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0050g01160.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110696615|gb|EE072889.1|EE072889
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110400553|gb|EC967119.1|EC967119
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110416737|gb|EC982738.1|EC982738
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCCCCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|51051467|gb|CO819071.1|CO819071
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110377465|gb|EC942530.1|EC942530
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|34320284|gb|CF373038.1|CF373038
EST:     CCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110382383|gb|EC939329.1|EC939329
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110715571|gb|EE093772.1|EE093772
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110700496|gb|EE078604.1|EE078604
EST:     TGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: TGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGG-CCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|71868077|gb|DT017132.1|DT017132
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EST: gi|110702044|gb|EE080304.1|EE080304
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EST: gi|110373431|gb|EC937667.1|EC937667
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110416841|gb|EC982847.1|EC982847
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EST: gi|110703760|gb|EE080890.1|EE080890
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EST: gi|110398785|gb|EC965259.1|EC965259
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110690684|gb|EE068060.1|EE068060
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|87584273|gb|DY473501.1|DY473501
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|71872604|gb|DT021659.1|DT021659
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|34364255|gb|CF405840.1|CF405840
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110360451|gb|EC923562.1|EC923562
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|71870077|gb|DT019132.1|DT019132
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EST: gi|110363287|gb|EC926864.1|EC926864
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EST: gi|77584540|gb|DV221341.1|DV221341
EST:     GCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|110692204|gb|EE071178.1|EE071178
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EST: gi|110723368|gb|EE100598.1|EE100598
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EST: gi|87584250|gb|DY473484.1|DY473484
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EST: gi|83276421|gb|DV940429.1|DV940429
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EST: gi|30320459|gb|CD003721.1|CD003721
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EST: gi|18458561|gb|BM436839.1|BM436839
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EST: gi|110722253|gb|EE098322.1|EE098322
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EST: gi|32268119|gb|CD717278.1|CD717278
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
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EST: gi|229418687|gb|GO652924.1|GO652924
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EST: gi|83276434|gb|DV940442.1|DV940442
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGGCCACCTGGTGACCGTTCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110401412|gb|EC968022.1|EC968022
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|37189321|gb|CF608670.1|CF608670
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110692508|gb|EE071834.1|EE071834
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
EST: gi|110383847|gb|EC948248.1|EC948248
EST:     GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACG                         TGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG
genomic: GTGAAACCCCCTGGTCGGCCAATGGGTGGCCCACCTGGTGACCGTCCACGgtaattctat ... gagcttttagTGGCCCGCCTCGCTTTGATGGAGACCGTCCCAGGTTTGGTGATCGTGATGG