1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
TCAGCTGAAATTTCAACGCAGCAAGCGTTCAATTGCAGAGGAACGTGCTGGACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAGgtctgtatagaatttactgcacttatttcctacctatgtatctcagtcttcgagttctgctatttgggcacttgttagcatgctagttttggtacatgat...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0013g02020.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAG GATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAATEST: gi|110688477|gb|EE067077.1|EE067077
genomic: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAGgtctgtatag ... ttgttgttagGATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAAT
EST: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAG GATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAATEST: gi|77584870|gb|DV221515.1|DV221515
genomic: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAGgtctgtatag ... ttgttgttagGATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAAT
EST: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAG GATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAATEST: gi|77585149|gb|DV221663.1|DV221663
genomic: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAGgtctgtatag ... ttgttgttagGATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAAT
EST: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAG GATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAATEST: gi|71876495|gb|DT025550.1|DT025550
genomic: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAGgtctgtatag ... ttgttgttagGATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAAT
EST: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAG GATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAATEST: gi|77584906|gb|DV221536.1|DV221536
genomic: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAGgtctgtatag ... ttgttgttagGATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAAT
EST: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAG GATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAATEST: gi|351023690|gb|FQ448241.1|FQ448241
genomic: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAGgtctgtatag ... ttgttgttagGATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAAT
EST: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAG GATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAAT
genomic: GACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAGgtctgtatag ... ttgttgttagGATTCCACTTACAAATACTATGAGGTAATCTTGGTTGATGCTGCTCACAAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCAGCTGAAATTTCAACGCAGCAAGCGTTCAATTGCAGAGGAACGTGCTGGACGGAAGCTGGGTGGTCTCAAGGTTCTCAACTCTTATTGGATCAATGAGgtctgtatagaatttactgcacttatttcctacctatgtatctcagtcttcgagttctgctatttgggcacttgttagcatgctagttttggtacatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG