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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGCAGAGCCTACTGTTGTGAGTGGTAGTGGAACAGAAACAGGTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgattgccattctggaaatgtcgttgcattctttttcttctttgtacttgtctttctatatcttatataatcatatatttgttgtggtgcatgt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0048g02010.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0048g02010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA07G08320.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GATGCAGAGCCTACTGTTGTGAGTGGTAGTGGAACAGAAACAGGTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgattgccattctggaaatgtcgttgcattctttttc-----ttctttgtacttgtctttctatatcttatataatcatata----tttgttgtggtgcatgt--------------------------------------------------
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GATATAGAAGCTACTGTAGTGAGTGGTAATGGAACAGAAACAGGACAAATAATTACAACTGCCATTGGTGGTCGAGATGGACAACCAAAGCAGgtgattactttattattgttgcatctctattggttccttaactcaacattttgtgcactttatttgcacaagtgcatattagtttataaaccttaacagtggtttgttatgtaatattgaactttaataacttatatagttaaattttgttggtctcag

upper sequence: Vv15s0048g02010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA03G01850.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GATGCAGAGCCTACTGTTGTGAGTGGTAGTGGAACAGAAACAGGTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgattgccattctggaaatgtcgttgcattct----------ttttcttctttgtacttgtctttctatatcttatataatcatatatttgttgtggtgcatgt--------------------------------------------------
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GATATAGAAGCAACTGTAGTGAGTGGTAATGGAACAGAAACAGGTCAAATAATTACAACTGCCATTGGCGGTCGAGATGGACAACCAAAGCAGgtgattactttattattgttgaatctccattggttccttaactcaacattttgtgcactttatttgcacaagtgcatgttaggttataa-accttaactgtggtttgttatgtaatattgaactttaataacttatatagttaaattttgttggtctcag

upper sequence: Vv15s0048g02010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G45960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GATGCAGAGCCTACTGTTGTGAGTGGTAGTGGAACAGAAACAGGTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgattgcca-ttctggaaatgtcgttgcattctttttcttctttgtacttgtctttctatatcttata-taatcatatatttgttgtggtgcatgt
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GATATGGAAGCAACTATTGTGAATGGTAATGGAACAGAAACAGGTCAAATAACTACAACTGTTATTGGTGGTCGAGACGGACAACCAAAGCGGgtattgttcccacgagttcctttattgctcttttact-tccccattcgtaaatcttatttcatggaattagattctgaaaatcccttttttcttaaatcca-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349829752|gb|FQ421270.1|FQ421270
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|349828504|gb|FQ417246.1|FQ417246
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|351029954|gb|FQ430696.1|FQ430696
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|349823414|gb|FQ423225.1|FQ423225
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|351015296|gb|FQ445580.1|FQ445580
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|351015511|gb|FQ447340.1|FQ447340
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|110713030|gb|EE088592.1|EE088592
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|352773646|gb|FQ472428.1|FQ472428
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|349817714|gb|FQ407703.1|FQ407703
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|161713339|gb|FC063356.1|FC063356
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|351027217|gb|FQ444466.1|FQ444466
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|351026191|gb|FQ428203.1|FQ428203
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|110712065|gb|EE089258.1|EE089258
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGANGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGT
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGA-GCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGT
EST: gi|351025364|gb|FQ435056.1|FQ435056
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|34548045|gb|CF516277.1|CF516277
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
EST: gi|351021880|gb|FQ437667.1|FQ437667
EST:     GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAG                         ACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC
genomic: GTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgat ... ttggttgcagACAGTCTCCTACATGGCTGAGCGGGTGGTTGGCACTGGTTCCTTTGGGGTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GATGCAGAGCCTACTGTTGTGAGTGGTAGTGGAACAGAAACAGGTCAGATAATTGCAACTACAATAGGTGGTCGCAATGGACAACCAAAACAGgtgatctgattgccattctggaaatgtcgttgcattctttttcttctttgtacttgtctttctatatcttatataatcatatatttgttgtggtgcatgt

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