Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAGTGCTGCTGTGCAAGTTCCAATTGGGTTGGAAGATGATTTTCAGGGTCTTGTTGATCTTGTGCAGTTAAAAGCTTACTATTTTCATGGTTCCAATGGgtatgctccataagctatggggttgattagctacttaattccttttcgtgtggattattttataatgttaataaattttctcttcttattatcttgttgccttttgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0021g02450.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0021g02450.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G16460.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
ACAGTGCTGCTGTGCAAGTTCCAATTGGGTTGGAAGATGATTTTCAGGGTCTTGTTGATCTTGTGCAGTTAAAAGCTTACTATTTTCATGGTTCCAATGGgtatgctccataagctatggggttgattagctacttaattccttttcgtgtggattattttataatgttaataaattttctcttcttattatcttgttgccttttgcag
| ||||||||  | ||||||||||| || ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||| ||||||| || | || || ||   |  ||| ||              |  |    |  | | |  | |    |||      ||  | | |||| | | ||||||| | ||||||
ATAGTGCTGCCATACAAGTTCCAATAGGATTGGAAGATGATTTTAAGGGACTAGTTGATCTTGTGCAGTTAAAGGCCTTCTATTTCCATGGTTCAAATGGgtctgtttcaaaaacttctgcattgtttg------------ttcctaagattaagtctcctctggcatta------ttcttttgcttactctattgttgcttattgcag