1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
TGAATACAAGAGGTCTAGATTGCCAAGGAACCGTAGGACTGTGAACCGGGCCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatttcaagtttatttcgtttcttaactgcactagttggggttttgattaataactttttcag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0108g00850.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110401727|gb|EC968344.1|EC968344
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|351029961|gb|FQ430703.1|FQ430703
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|71867924|gb|DT016979.1|DT016979
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|71875778|gb|DT024833.1|DT024833
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGG-AT-A---- -AT--T-CGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110696892|gb|EE073402.1|EE073402
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|33402492|gb|CF208119.1|CF208119
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCCTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|27582431|gb|CB005126.1|CB005126
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110704730|gb|EE081740.1|EE081740
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110694427|gb|EE071525.1|EE071525
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110376594|gb|EC941653.1|EC941653
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|34544378|gb|CF512610.1|CF512610
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|34545525|gb|CF513757.1|CF513757
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110399562|gb|EC966073.1|EC966073
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110689386|gb|EE065575.1|EE065575
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110693670|gb|EE070103.1|EE070103
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|30296475|gb|CB973269.1|CB973269
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGTGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110402092|gb|EC968725.1|EC968725
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|71872787|gb|DT021842.1|DT021842
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110728053|gb|EE103286.1|EE103286
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110375579|gb|EC940580.1|EC940580
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|71871640|gb|DT020695.1|DT020695
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|30130884|gb|CB916223.1|CB916223
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110404494|gb|EC969640.1|EC969640
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110691699|gb|EE070097.1|EE070097
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110702167|gb|EE080571.1|EE080571
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110361458|gb|EC924931.1|EC924931
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGG-AT-A---- -AT--T-CGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|34545438|gb|CF513670.1|CF513670
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110387708|gb|EC952399.1|EC952399
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110384235|gb|EC948660.1|EC948660
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110397100|gb|EC962821.1|EC962821
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110699945|gb|EE077421.1|EE077421
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTC----A-AGG-A-GA---G GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110376077|gb|EC941118.1|EC941118
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGG-AT-A---- -AT--T-CGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|34549520|gb|CF517752.1|CF517752
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTTEST: gi|110413639|gb|EC979436.1|EC979436
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
EST: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCA-GG-GA-G-A-G----- GATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
genomic: CCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatt ... actttttcagGATAATTCGAGCTTTCTTGGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAAAAGGTGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGAATACAAGAGGTCTAGATTGCCAAGGAACCGTAGGACTGTGAACCGGGCCTATGGAGGTGTTTTGTCGGGTGGTGCTGTCAGGGAGAGGTATGATCCTgtaaatgatttcaagtttatttcgtttcttaactgcactagttggggttttgattaataactttttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG