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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCACTGGGTTGGGCTATAGACACACATTTTGGTTCCATGGAAGCATTGGTAGCAAAAATTAATTCAGAAGGTGCTGCTGTACAGGGCTCTGGATGGGTTgtaagtgttgcagcttattaaagttttggcatcttttctttccttgttgttggcaattaggatgtctcagcaatcaatatgactgcttccttttcacattttcttatcttgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0067g02990.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0067g02990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA06G14960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TTCACTGGGTTGGGCTATAGACACACATTTTGGTTCCATGGAAGCATTGGTAGCAAAAATTAATTCAGAAGGTGCTGCTGTACAGGGCTCTGGATGGGTTgtaagtgttgcagcttattaaagttttggcatcttttctttccttg----ttgttggcaattaggatgtctcagcaatcaatatgactgcttccttttcacattttcttatcttgcag-----------
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TTCACTGGGATGGGCTATTGACACACATTTTGGTTCTTTTGAAGCATTAATACAAAAAGTTAACGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtgcaaattctaagtttcctagcatatcttctatccttgcatatcattagagctta--atgtcttgggcgttatttgaaatgca--ctttttctttttacctaatttgtactgctttgccag

upper sequence: Vv13s0067g02990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA04G39930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TTCACTGGGTTGGGCTATAGACACACATTTTGGTTCCATGGAAGCATTGGTAGCAAAAATTAATTCAGAAGGTGCTGCTGTACAGGGCTCTGGATGGGTTgtaagtgttgcagcttattaaagttttggcatcttttctttccttg----ttgttggcaattaggatgtc--tcagcaatcaatatg-actgcttcctttt--cacattttcttatcttgcag--
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TTCACTGGGATGGGCCATTGACACACATTTTGGCTCTTTTGAAGCATTAGTACAAAAAGTTAATGCAGAAGGTGCTGCACTACAGGGGTCTGGATGGGTGgtgagttgtgcagattctgagattcccagcatatcttctatccttacatatccttagagcttaatgtctcggtcattatttgaaatgcactgtttccttttacttcatttgtactgcttgcccag

upper sequence: Vv13s0067g02990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT3G56350.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
TTCACTGGGTTGGGCTATAGACACACATTTTGGTTCCATGGAAGCATTGGTAGCAAAAATTAATTCAGAAGGTGCTGCTGTACAGGGCTCTGGATGGGTTgtaagtgttgcagcttattaaagttttggcatcttttctttccttgttgttggcaattaggatgtctcagcaatcaatatgactgcttccttttcacattttcttatcttgcag
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TCCTTTGGCTTCGGCGATCGATGCTCATTTCGGATCACTAGAAGGATTGATCCAAAAAATGAACGCGGAAGGCGCTGCTGTACAGGGATCTGGATGGGTGgtaagtttttt--ttcagaatctcattaacaatgttgggaacacaattattggttttcag-atgaaa-gtttataaaaatttctgacagaatatcaaaattcat----------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33402442|gb|CF208069.1|CF208069
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EST: gi|110689980|gb|EE066680.1|EE066680
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EST: gi|37184023|gb|CF603377.1|CF603377
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EST: gi|351022232|gb|FQ438817.1|FQ438817
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EST: gi|351032276|gb|FQ461529.1|FQ461529
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EST: gi|351023106|gb|FQ430981.1|FQ430981
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EST: gi|110416752|gb|EC982755.1|EC982755
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EST: gi|349827070|gb|FQ421343.1|FQ421343
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EST: gi|351033385|gb|FQ446617.1|FQ446617
EST:     TAGCAAAAATTAATTCAGAAGGTGCTGCTGTACAGGGCTCTGGATGGGTT                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGATTTGAAGAAGCTGGTGGTTGAAACTACTGCA
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EST: gi|46918607|gb|CN547936.1|CN547936
EST:     TAATTCAGAAGGTGCTGCTGTACAGGGCTCTGGATGGGTT                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGATTTGAAGAAGCTGGTGGTTGAAACTACTGCA
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EST: gi|351033512|gb|FQ446623.1|FQ446623
EST:     TAGCAAAAATTAATTCAGAAGGTGCTGCTGTACAGGGCTCTGGATGGGTT                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGATTTGAAGAAGCTGGTGGTTGAAACTACTGCA
genomic: TAGCAAAAATTAATTCAGAAGGTGCTGCTGTACAGGGCTCTGGATGGGTTgtaagtgttg ... tatcttgcagTGGCTTGGTCTGGACAAAGATTTGAAGAAGCTGGTGGTTGAAACTACTGCA
EST: gi|351030207|gb|FQ432145.1|FQ432145
EST:     TAGCAAAAATTAATTCAGAAGGTGCTGCTGTACAGGGCTCTGGATGGGTT                         TGGCTTGGTCTGGACAAAGATTTGAAGAAGCTGGTGGTTGAAACTACTGCA
genomic: TAGCAAAAATTAATTCAGAAGGTGCTGCTGTACAGGGCTCTGGATGGGTTgtaagtgttg ... tatcttgcagTGGCTTGGTCTGGACAAAGATTTGAAGAAGCTGGTGGTTGAAACTACTGCA
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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TTCACTGGGTTGGGCTATAGACACACATTTTGGTTCCATGGAAGCATTGGTAGCAAAAATTAATTCAGAAGGTGCTGCTGTACAGGGCTCTGGATGGGTTgtaagtgttgcagcttattaaagttttggcatcttttctttccttgttgttggcaattaggatgtctcagcaatcaatatgactgcttccttttcacattttcttatcttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT