1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
ACATGTGTACAGAAGGAATGGTGTTCTTACTGATATAAAGTCATTTGGGATTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAGgtgaatctacttttgctactacagattttttattttttattttttatttctttttgaaaatttgatacatgatttgggtctcttagtgtttgaatgggga...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0149g00070.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAG GGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAGEST: gi|71879140|gb|DT028195.1|DT028195
genomic: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAGgtgaatctac ... catgttatagGGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAG
EST: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAG GGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAGEST: gi|294965463|gb|GW839034.1|GW839034
genomic: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAGgtgaatctac ... catgttatagGGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAG
EST: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAG GGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAGEST: gi|110688268|gb|EE066628.1|EE066628
genomic: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAGgtgaatctac ... catgttatagGGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAG
EST: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAG GGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAGEST: gi|71873872|gb|DT022927.1|DT022927
genomic: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAGgtgaatctac ... catgttatagGGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAG
EST: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAG GGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAGEST: gi|71879031|gb|DT028086.1|DT028086
genomic: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAGgtgaatctac ... catgttatagGGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAG
EST: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAG GGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAGEST: gi|71877554|gb|DT026609.1|DT026609
genomic: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAGgtgaatctac ... catgttatagGGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAG
EST: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAG GGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAGEST: gi|110693922|gb|EE070579.1|EE070579
genomic: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAGgtgaatctac ... catgttatagGGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAG
EST: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAG GGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAGEST: gi|71874205|gb|DT023260.1|DT023260
genomic: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAGgtgaatctac ... catgttatagGGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAG
EST: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAG GGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAG
genomic: TTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAGgtgaatctac ... catgttatagGGCCAACTGATGCAGATGAGCATGATGGCTACACCCAACTTCAACAAGGAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACATGTGTACAGAAGGAATGGTGTTCTTACTGATATAAAGTCATTTGGGATTGTTCGATTGGGCTATGGTATTAAGAAGCTAGATGGGAGATATTATCAGgtgaatctacttttgctactacagattttttattttttattttttatttctttttgaaaatttgatacatgatttgggtctcttagtgtttgaatgggga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaatt