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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGGAAAACCCCTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctattcaaacatgggagtttctttttgtacgtttacatgatgagtagttgttgatcactgctttgtgcatcttttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g03720.t01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71856755|gb|DT005810.1|DT005810
EST:     CTTGTTTTGAAGGTAGTGAGACGAGCAGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTATCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|161707491|gb|FC057730.1|FC057730
EST:     CTTGTTTTGAAGGTAGTGAGACGAGCAGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTATCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|110707578|gb|EE084139.1|EE084139
EST:     CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|161709257|gb|FC060537.1|FC060537
EST:     CTTGTTTTGAAGGTAGTGAGACGAGCAGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTATCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|161719323|gb|FC068275.1|FC068275
EST:     CTTGTTTTGAAGGTAGTGAGACGAGCAGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTATCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|351043366|gb|FQ451418.1|FQ451418
EST:     CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGACCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|351041433|gb|FQ447560.1|FQ447560
EST:     CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGACCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|161705960|gb|FC056683.1|FC056683
EST:     CTTGTTTTGAAGGTAGTGAGACGAGCAGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTATCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|351032771|gb|FQ462485.1|FQ462485
EST:     CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGACCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|30126137|gb|CB911476.1|CB911476
EST:     CTTGTTTTGAAGGTAGTGAGACGAGCAGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTATCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|71857156|gb|DT006211.1|DT006211
EST:     CTTGTTTTGAAGGTAGTGAGACGAGCAGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTATCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|351036480|gb|FQ457193.1|FQ457193
EST:     CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGACCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|71859825|gb|DT008880.1|DT008880
EST:     CTTGTTTTGAAGGTAGTGAGACGAGCAGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTATCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|71854888|gb|DT003943.1|DT003943
EST:     CTTGTTTTGAAGGTAGTGAGACGAGCAGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTATCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|349819864|gb|FQ404532.1|FQ404532
EST:     CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGACCCGAACAGCCGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|71879610|gb|DT028665.1|DT028665
EST:     CTTGTTTTGAAGGTAGTGAGACGAGCAGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTATCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|161709194|gb|FC060110.1|FC060110
EST:     CTTGTTTTGAAGGTAGTGAGACGAGCAGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTATCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|352778302|gb|FQ465612.1|FQ465612
EST:     CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCCAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|161708734|gb|FC057910.1|FC057910
EST:     CTTGTTTTGAAGGTAGTGAGACGAGCAGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTATCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|352776536|gb|FQ474838.1|FQ474838
EST:     CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|37183728|gb|CF603082.1|CF603082
EST:     CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|349816215|gb|FQ403711.1|FQ403711
EST:     CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGACCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
EST: gi|71861868|gb|DT010923.1|DT010923
EST:     CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCC                         GTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA
genomic: CTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctatt ... catcttttagGTCCCGGGTCAAAGAGTACCTTCCCATTGTTGGACTGGCAGAGTTCAATAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GAAGGAAAACCCCTTGTTTTGAATGTAGTGAGACGAGCCGAACAGCTGTTGGTTAATGACCCgtaagctattcaaacatgggagtttctttttgtacgtttacatgatgagtagttgttgatcactgctttgtgcatcttttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT